پیام امام خمینی معروف در مورد پذیرش قطعنامه 598 شورای امنیت  از شاهکارهای رهبری و مدیریت امام خمینی است که در آن کارنامه جنگ تحمیلی و ابعاد آن به روشنی بازگویی شده و خطوط آینده نظام و انقلاب اسلامی در همۀ زمینه‏‌ها و از آن جمله مواجهه با ابرقدرت‌ها و پایداری بر آرمان‌ها و اهداف انقلاب ترسیم شده است. قبول قطعنامه مسئلۀ بسیار تلخ و ناگواری برای همه و خصوصاً امام خمینی بود که آن را نوشیدن جام زهر تعبیر کردند و فرمودند: من تا چند روز قبل معتقد به همان شیوۀ دفاع و مواضع اعلام شده در جنگ بودم و مصلحت نظام و کشور و انقلاب را در اجرای آن می‏‌دیدم؛ ولی به واسطۀ حوادث و عواملی که از ذکر آن فعلاً خودداری می‏‌کنم، و به امید خداوند در آینده روشن خواهد شد و با توجه به نظر تمامی کارشناسان سیاسی و نظامی سطح بالای کشور، که من به تعهد و دلسوزی و صداقت آنان اعتماد دارم، با قبول قطعنامه و آتش بس موافقت نمودم؛ و در مقطع کنونی آن را به مصلحت انقلاب و نظام می‏‌دانم. و خدا می‏‌داند که اگر نبود انگیزه‌ه‏ایی که همۀ ما و عزت و اعتبار ما باید در مسیر مصلحت اسلام و مسلمین قربانی شود، هرگز راضی به این عمل نمی‏‌بودم و مرگ و شهادت برایم گواراتر بود. اما چاره چیست که همه باید به رضایت حق تعالی گردن نهیم. و مسلّم ملت قهرمان و دلاور ایران نیز چنین بوده و خواهد بود. همچنان که امام خمینی بارها هشدار داده بود که ادعاهای صلح‏ طلبی صدام فریبی برای افکار عمومی است، پس از پذیرش قطعنامه از سوی ایران، صدام حسین دست به جنگ‏ افروزی و حماقت‌های تازه‏‌ای زد و در جبهه‏‌های جنوبی دوباره به اشغال بخش‌هایی از این منطقه پرداخت. انتشار پیام شورانگیز و عاطفی امام خمینی بار دیگر موجب بسیج عمومی در سراسر کشور شد و انقلابیون و رزمندگان از اقصی نقاط کشور سراسیمه به‏ سوی جبهه‏‌های جنگ شتافتند و عوامل بعثی را با تحمل شکستی دیگر وادار به فرار ساختند.

سیر بیماری امام خمینی از روز اول خرداد ماه سال 1368 ه. ش. به طور جدی آغاز شد و تیم پزشکان تصمیم به جراحی دستگاه گوارش ایشان گرفتند. پس از عمل جراحی بیماری درمان نشد و سرانجام امام خمینی در ساعت 20/22 روز شنبه سیزدهم خرداد ماه سال 1368 به ملکوت اعلا پیوست.

با ارتحال امام خمینی، گویی زلزله‌‏ای عظیم رخ داده است، بغض‌ها ترکید و سرتاسر ایران و همه کانون‌هایی که در جهان با نام و پیام امام خمینی آشنا بودند، یکپارچه گریستند و بر سر و سینه زدند. وداع مردم با امام خمینی  در روز و شب پانزدهم خرداد 1368، با حضور میلیون‌ها نفر از مردم تهران و سوگوارانی که از شهرها و روستاها آمده بودند، در محل مصلای امام خمینی برگزار شد. هیچ اثری از تشریفات بی‏ روح مرسوم در مراسم رسمی نبود. همه چیز بسیجی و مردمی و عاشقانه بود. سرتاسر اتوبان و راه‌های منتهی به مصلی مملو از جمعیت سیاه پوش بود. پرچم‌های عزا بر در و دیوار شهر آویخته و آوای قرآن از تمام مساجد و مراکز و ادارات و منازل به‏ گوش می‏‌رسید. در نخستین ساعت بامدادِ شانزده خرداد، میلیون‌ها تن به امامت آیت‏ الله‏ العظمی گلپایگانی (ره)  با چشمانی اشکبار بر پیکر امام نماز گزاردند. مراسم تشییع امام خمینی از مصلی تا مرقد امام خمینی در جنب بهشت زهرا ـ مزار شهیدان انقلاب اسلامی ـ  که به حرم امام خمینی مشهور است، با احساسات غیر قابل کنترل مردم برگزار شد و پیکر مطهر امام خمینی به خاک سپرده شد.