او در آخرین گفت‌وگوی تلویزیونی‌اش با مردم خبر از تاسیس دانشگاه خود داد و با اعلام شماره حسابی از مردم درخواست کرد که برای تاسیس این دانشگاه به او کمک کنند.

این البته برای اولین مرتبه نبود که مردم از تاسیس این دانشگاه خبر می‌شنیدند. در آبان 1389 محمدشریف ملک‌زاده دبیر شورای عالی امور ایرانیان خارج از کشور در مراسم افتتاح مرکز رسیدگی به امور ایرانیان خارج از کشور در فرودگاه بین‌المللی امام‌خمینی(ره) و در حضور اسفندیار رحیم‌مشایی جانشین محمود احمدی‌نژاد در شورای عالی امور ایرانیان خارج از کشور خبر از تاسیس «بزرگ‌ترین دانشگاه جامع بین‌المللی ایرانیان مقیم خارج» داد. این دانشگاه در وهله اول قرار بود جزیی از منطقه آزاد قشم بوده و به عنوان دانشگاهی غیرانتفاعی در این حوزه عمل کند.

براساس قانونی که در این مورد در وزارت علوم و شورای عالی انقلاب فرهنگی وجود داشت٬ تاسیس دانشگاه غیرانتفاعی در تهران ممنوع بود، اما در نهایت مجوز تاسیس این دانشگاه زمانی که شورای عالی انقلاب فرهنگی را احمدی‌نژاد اداره می‌کرد٬‌ صادر شد.

مجوز اصلی تاسیس دانشگاه در تاریخ هفتم بهمن‌ماه سال 89 توسط  وزارت علوم، تحقیقات و فناوری صادر شد. وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ضمن صدور مجوز برای تاسیس این دانشگاه٬ با ایجاد کلیه رشته‌ها و در کلیه مقاطع تحصیلی در دانشگاه جامع بین‌المللی ایرانیان موافقت کرد، اما این تنها آغاز ماجرای پر فراز و نشیب تاسیس دانشگاه احمدی‌نژاد او بود. او که با حلقه یاران نزدیک به خود از جمله دو مهره بحران‌ساز کابینه‌اش یعنی بقایی و مشایی به تاسیس این دانشگاه اقدام کرده بود٬‌ بعد از گرفتن مجوزهای لازم و تامین امکانات و تجهیزات برای برپایی این دانشگاه با دو بحران دیگر روبه‌رو شد.

اولین بحران درست بلافاصله بعد از پایان یافتن دوران ریاست‌جمهوراش آغاز شد. اکبر ترکان مشاور ویژه روحانی در روزهای ابتدایی ماموریت یافته بود تا به تمام اسناد و مدارک مربوط به این دانشگاه و موسسه خانه ایرانیان و مناق آزاد که تحت مدیریت بقایی فعالیت می‌کردند٬‌ رسیدگی کند. از همین بررسی‌ها بود که در نهایت اجرای دریافت کمک مالی بلاعوض این دانشگاه از دولت به میزان 16 میلیارد تومان به رسانه‌ها راه پیدا کرد.

گرچه احمدی‌نژاد روزه سکوت گرفته و گفته بود نمی‌خواهد به این زودی‌ها راجع به عملکرد دولتش سخنی مطرح کند٬ جنجالی که این کمک مالی به پا کرد در نهایت او را به واکنش وا داشت. بعد از صحبت‌های بقایی٬ این احمدی‌نژاد بود که شخصا وارد میدان شد و ضمن بیان این نکته که این کمک مالی قانونی بوده و دولت می‌تواند تمام دانشگاه‌ها چنین کمکی را ارائه کند٬‌ بیان کرد که به دلیل حساسیت به وجود آمده در این زمینه٬‌ این منابع مالی را به حساب نهاد ریاست جمهوری باز می‌گرداند. این مسئله با این حال پایان ماجرای مناق آزاد و فعالیت‌های بقایی در زمان ریاست بر این مناطق نبود. دعوای در گرفته بین ترکان و بقایی در سانه‌ها هر روز ابعاد تازه‌تری به خود می‌گرفت و یک پای این دعواها هم در نهایت به دانشگاه ایرانیان ختم می‌شد.

بحران دومی که این دانشگاه نتوانست از آن به سلامت عبور کند٬‌ مسئله حضور داشتن مشایی و بقایی در هیئت موسس این دانشگاه و مشکلی بود که برخی از اساتید این دانشگاه برای دریافت مجوز جهت تدریس در رشته‌های دانشگاهی مندرج در اساسنامه این دانشگاه داشتند.

بعد از روی کار آمدن دولت جدید٬‌ این شورای عالی انقلاب فرهنگی و نمایندگان عضو کمیسیون اصل 90 مجلس بودند که وارد میدان شدند تا به بررسی میزان قانونی بودن صدور مجوز برای این دانشگاه بپردازند.

با وجود اینکه کمیسیون اصل 90 در گزارش خود به قانونی بودن این مجوز اشاره کرد٬‌ شورای عالی انقلاب فرهنگی به نظر می‌رسد تصمیم خود برای ارائه مجوز به این دانشگاه را تغییر داده است.

دانشگاه جامع بین‌المللی ایرانیان، در اجرای مقررات و برای تحقق اهداف اساسنامه مصوب خود در آذرماه و دی‌ماه سال 1392، تصمیم خود برای راه‌اندازی چند رشته در گروه‌های مختلف آموزشی را به صورت مکتوب به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اعلام کرد، اما هیچ جوابی از وزارت علوم نگرفت و در نهایت امروز اعلام شد که مجوز دانشگاه احمدی‌نژاد در این شورا باطل شده و نامه‌های قبلی که صدورمجوز را تایید می‌کرد٬ کان لم یکن تلقی می‌شود.

وب سایت دانشگاه ایرانیان، اما به نظر می‌رسد چندان این خبر را جدی نگرفته است. آخرین خبر این وبسایت همچنان راه افتادن بخش آموزش زبان انگلیسی در این مرکز بوده و به نظر می‌رسد معاون اجرایی این دانشگاه نیز هنوز به دنبال اقدامات لازم برای پذیرش دانشجو در مهرماه سال جاری است.