وی بین سال‌های 51 و 52 از الیگودرز به خوانسار و بعد از مدتی به قم رفت و ضمن این‌که در دبیرستان درس می‌خواند به‌صورت نیمه‌وقت به مدرسه علمیه آیت‌الله نجفی نیز می‌رفت و بعد از مدتی در مسجد چهلستون و در مدرسه شیخ عبدالحسین ادامه تحصیل داد. (پرونده گروه فرقان، آرشیو مرکز اسناد انقلاب اسلامی، کد 17601)

درس تفسیر قرآن او از سال 50 شروع شد و از پاییز 55 با عده‌ای از دوستانش به‌طور جدی‌تر و منسجم‌تر به بررسی و تدوین دو کتاب «ایدئولوژی توحید و ابعاد گوناگون آن» و «اصول تفکر قرآنی» پرداخت. (کد 17601)

وی جلسات تفسیر قرآن خود را در مسجد الهادی خیابان شوش، مسجد فاطمیه خزانه، مسجد رضوان خیابان اتابک، مسجد شیخ هادی خیابان حنیف‌نژاد و مسجد خمسه قلهک برگزار می‌کرد.

با توجه به جوانی و شیوه‌ و ادبیات خاصی که او در بیان تفسیر از آن استفاده می‌کرد، زمینه جذب برخی ‌نیروهای جوان به سمت او فراهم آمد و از آن پس او به صورت جدی‌تر به طرح موضوعات و برداشت‌های خاص خود از آیات و سور قرآنی پرداخت.

او علاوه بر جلسه تفسیر قرآن به برگزاری جلساتی به صورت خصوصی در منزل افراد اقدام می‌کرد. این جلسات عبارت بود‌ از جلسات خصوصی در منزل عباس عسگری با محمد متحدی و شاه بابا بیگ، در خیابان جوادیه با سیدمهدی و حسن اقرلو، در خیابان گرگان با عباس عسگری و محمد متحدی و حسن اقرلو، در خیابان فرصت نیز با حمید، رضا، سعید، علی و محسن سیاهپوش و بهرام. وی در خیابان‌های اوستا و آزادی و باغ کرج و شورا نیز جلسات خصوصی داشت. (آرشیو مرکز اسناد انقلاب اسلامی، پرونده اکبر گودرزی، کد 18383)

گودرزی سال 55 به مدت یک‌سال تحت نظر ساواک قرار گرفت و بعد از آن زندگی مخفی خود را شروع کرد. بیست‌و‌هشتم‌فروردین 57 به قصد لبنان مخفیانه عازم پاکستان شد، اما بعدها متوجه شد این سفر توطئه‌ای برای نابود کردن او بوده است و به همین دلیل بیست و ششم خرداد 57 به ایران بازگشت.

گودرزی بعد از مدتی مطالب تفسیری خود را به‌صورت جزوه منتشر کرد و همان موقع بود که گروه فرقان تشکیل شد.

هدف از تاسیس فرقان ابتدا اصول تفکر قرآنی مطرح شده است. به عبارت دیگر کسانی که در جلسات تفسیر قرآن گودرزی شرکت می‌کردند و به برداشت‌هایی از آیات و سور قرآنی اعتقاد داشتند گروه فرقان را تشکیل دادند و از آن پس قرار شد مطالب ارائه شده توسط گودرزی به صورت یک نشریه منظم و مداوم نوشته و پخش شود.

بعد از انتشار مجموعه‌های گروه فرقان که عمدتا در مناطق پرجمعیت کشور مثل بازار و مراکز دانشگاهی پخش می‌شد، ذهن برخی نیروهای فکری از جمله شهید مطهری نسبت به افکار و عقاید این گروه جلب شد. مرحوم مطهری آثار و نوشته‌های آنها را مطالعه می‌کرد و در کتاب‌هایش به شبهات آنان پاسخ می‌داد. حتی برخی افراد به وی توصیه می‌کردند‌ در شأن ایشان نیست به این نوع آثار قلمی کوچک بها بدهد و برای پاسخگویی به آنها وقت بگذارد، اما شهید مطهری می‌گفت: آدم‌ها مهم نیستند، حرف‌هایشان و تاثیری که روی جوانان می‌گذارد مهم است. کسی چه می‌داند که نویسنده این تفسیر یک بچه است. این نوشته‌ها در ذهن جوانان شبهه ایجاد می‌کند و من باید جواب اینها را بدهم. (خاطرات ناطق نوری، ص 183)

گروه فرقان از سال 57 تشکیل شد، اما کار تشکیلاتی خود را از سال 55 شروع کرد.

علاوه بر طرح مباحث قرآنی در نشریات فرقان به مسائل سیاسی هم پرداخته می‌شد و بخصوص از شماره‌7 به بعد به‌صورت مستقیم علیه نظام جمهوری اسلامی و از شماره 10 به بعد نیز رهبری انقلاب مورد نقد و تعرض قرار گرفت. کمی بعدتر مقوله تروریسم نیز به عنوان یکی از مسائل مورد توجه گروه فرقان مورد بحث قرار گرفت، اما گودرزی به‌عنوان رهبر گروه فرقان در بازجویی‌های خود منکر قضیه بود و ادعا می‌کرد بحث رهبری در گروه فرقان مطرح نبوده، بلکه وی صرفا مباحث ایدئولوژیک را طرح می‌کرده و محمد متحدی به‌عنوان طراح مسائل نظامی و عباس عسگری به‌عنوان مسئول شاخه تبلیغی و فرهنگی به فعالیت می‌پرداختند. بعدها حسن اقرلو به این جمع پیوست و به‌عنوان ضلع چهارم این گروه مشغول کار شد. (آرشیو مرکز اسناد انقلاب اسلامی، پرونده اکبر گودرزی، کد 18383)

گروه فرقان از اردیبهشت‌‌58 اقدامات تروریستی خود را شروع کرد. فهرست برنامه ترور این گروه که در بیشتر موارد موفق به انجام آن شدند، عبارتند از:

ـ محمد قرنی، سوم اردیبهشت 58

ـ مرتضی مطهری، دوازدهم اردیبهشت 58

ـ هاشمی‌ رفسنجانی، خرداد 58

ـ حاجی طرخانی، تیر 58

ـ رضی شیرازی، تیر 58

ـ مهدی و حسام عراقی، شهریور 58

ـ حسین مهدیان، شهریور 58

ـ هانس یواخیم لایب، مهر 58

ـ محمدعلی قاضی طباطبایی، آبان 58

ـ محمد مفتح، آذر 58

افرادی که برای ترور شناسایی شده بودند، محمد بهشتی، محمدجواد باهنر، حقی، امامی کاشانی، ناطق نوری، موسوی اردبیلی، تیمسار فلاحی، بنی‌صدر و خوانساری بودند. (پرونده اکبر گودرزی، کد 18383)

اقدام بعدی گروه فرقان ترور آیت‌الله محمدعلی قاضی طباطبایی بود. در تبریز همزمان با برگزاری نماز عید قربان از سوی گروه فرقان اعلامیه‌‌ای در محل صادر شد. بعد از گذشت چند روز سه نفر از عوامل ترور از جمله محمد متحدی، طراح نقشه ترور و مسعود تقی‌زاده که ضارب بود همراه شخصی دیگر به نام مشهدی مصطفی موفق به اجرای برنامه ترور خود شدند. (زندگی و مبارزات شهید آیت‌الله قاضی طباطبایی، رحیم نیکبخت و صمد اسماعیل‌زاده، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، چاپ اول 1380 ، صص 369 و 370)

با افزایش ترورها و بالا گرفتن موج نارضایتی مردم و احساس ناامنی، تلاش‌های زیادی برای دستگیری عوامل قتل‌ها صورت گرفت.

محسن الویری در این زمینه می‌گوید: به‌تدریج موج ترور شخصیت‌ها افزایش یافت و این قضیه برای من جدی شد. از سویی در کمیته مرکزی بودم، از سوی دیگر تشکیلات منسجمی داشتیم تحت عنوان مجاهدین انقلاب اسلامی. بنابراین تصمیم گرفتیم با این تروریست‌ها مقابله کنیم. در آن زمان آقای هاشمی رفسنجانی وزیر کشور بود. من نزد ایشان رفتم و درباره تشکیلاتمان با ایشان صحبت کردم و خواستم به ما فقط پنج دستگاه اتومبیل پیکان و پنج دستگاه بی‌سیم بدهد تا به این ترتیب با گروه فرقان و تروریست‌های دیگر مقابله کنیم و با اتومبیل به تعقیب‌شان بپردازیم.

آقای هاشمی‌ رفسنجانی موافقت کرد و دستور داد آنچه خواسته‌ایم به ما بدهند و به این ترتیب ما اسلحه داشتیم و بی‌سیم هم گرفتیم و آماده بودیم تا با گروه فرقان مقابله کنیم.

دوستی داشتم که در دوران سربازی با یکی از فرقانی‌ها در یک پادگان بود. او نزد ما آمد و گفت ‌ یکی از فرقانی‌ها‌ را می‌شناسد و دوران سربازی را باهم گذرانده‌اند و می‌تواند در حال حاضر به آن شخص نزدیک شود و رابطه برقرار کند. ما پذیرفتیم و به دوستم گفتم که با آن شخص تماس بگیرد و خود را هواخواه او معرفی کند و بگوید که می‌تواند خانه و امکانات برایشان مهیا کند. دوستم این کار را کرد و آنها که فعالیت زیرزمینی داشتند و نیازمند جا و مکان بودند از گفته دوستم استقبال کردند.

ما خانه‌ای را اطراف مدرسه رفاه در نظر گرفتیم و یک طبقه آن ساختمان دو طبقه را برای گروه فرقان تعیین و طبقه دیگر را گذاشتیم تا ماموران ما در آنجا شنود کنند.

برای این‌که شنود کنیم یک خط تلفن هم برایش کشیدیم و یک میکروفن هم در سقف گذاشتیم که به ضبط‌صوت مامور ما منتهی می‌شد و او می‌توانست مکالمات غیرتلفنی را ضبط کند. کارمان که تمام شد گروه فرقان در آنجا مستقر شدند.

مدتی گذشت و ما توانستیم از طریق مکالمات آنها اطلاعات خوبی کسب کنیم و حتی رفت و آمدها را نیز با تعقیب‌کردن پیگیری می‌کردیم و چند کادر قوی مسئول تعقیب آنها بودند.

اطلاعات ما از شبکه تروریستی فرقان هر روز کامل‌تر می‌شد و عاقبت زمانی فرا رسید که کل شبکه شناسایی شد و با کمک نیروهای کمیته انقلاب اسلامی در یک زمان به تمام خانه‌های تیمی آنها حمله شد و همه‌شان یا دستگیر شدند یا در درگیری از بین رفتند. به این ترتیب شبکه تروریستی گروه فرقان کاملا متلاشی شد. (خاطرات مرتضی الویری، دفتر ادبیات انقلاب اسلامی، حوزه هنری سازمان تبلیغات اسلامی، چاپ اول 1357 ، صص 86 تا 88)

با بررسی پرونده‌ها مشخص می‌شود که فرد رابط با محسن الویری، محسن شریعت بوده است. (پرونده محسن شریعت، کد 20416)، مسئولیت عملیات پیگیری و اقدام علیه گروه فرقان نیز با احمدیان از گروه منصورون بود. وی از سوی سازمان مجاهدین انقلاب به این کار اقدام می‌کرد. (همان آرشیو، همان پرونده)

از سوی دیگر دادستانی نیز این موضوع را پیگیری می‌کرد. ناطق نوری در این مورد عنوان کرد ‌ بعد از این‌که خبری مبنی بر تهیه مهری با عنوان فرقان در خیابان شاهپور به او رسید وی نقاشان و هنردوستان را برای پیگیری موضوع فرستاد که در این ماجرا دو نفر دستگیر شدند و بعد از آن محل اصلی سکونت اکبر گودرزی کشف شد و گروهی از کلاه‌سبزهای ارتش نیز برای دستگیری گروه فرقان اقدام کردند. (خاطرات حجت‌الا‌سلام‌والمسلمین ناطق نوری، ص187)

دستگیری اکبر گودرزی، رهبر گروه و 35 نفر از اعضای گروه در منزلی واقع در خیابان جمالزاده (خانه شماره 23 کوچه اخوان) روز اربعین انجام شد.

نوزدهم دی 58 پس از هشت ساعت درگیری گودرزی، همراه 35 نفر دستگیر شد و سوم بهمن همان سال نیز اعضای شاخه نظامی آن گروه دستگیر شدند. (شماره بازیابی 1160، ص 128)

سوم خرداد 59 اکبر گودرزی، علی حاتمی، عباس عسگری، حسن اقرلو، سعید مرات و علیرضا شاه بابا بیک تبریزی اعدام شدند.

موارد اتهامی اکبر گودرزی در دادگاه توسط دادستان چنین مطرح شد:

ـ مسخ اندیشه توحیدی با اتکا به دروغ و تزویر

ـ تاسیس و بنیانگذاری و رهبری گروه فرقان با مشی مسلحانه علیه نظام جمهوری اسلامی

ـ ایجاد رعب و وحشت در جامعه و زمینه‌سازی برای برقراری یک دیکتاتوری یعنی خط آمریکا

ـ ترور شخصیت‌های قابل قبول مردم و نیز ترور کسانی که باید توسط دادگاه‌های عدل اسلامی مجازات ‌می‌شدند. (آرشیو مرکز اسناد انقلاب اسلامی، پرونده اکبر گودرزی، کد 18383)

روابط عمومی دادستانی کل انقلاب نیز در بیانیه‌ای اعلام کرد: امرالله الهی، حسن نوری، محمد نوری، کمال یاسینی، محمد کاشانی، غلامرضا یوسفی و سعید واحد به جرم قتل محمد مفتح، مهدی عراقی، حسام عراقی، جواد بهمنی، اصغر بهمنی و سوءقصد به جان هاشمی‌ رفسنجانی و سرقت مسلحانه از بانک‌های جمهوری اسلامی در دادگاه انقلاب اسلامی مرکز به اعدام محکوم شدند و ساعت یک بامداد 13 اسفند 58 حکم اجرا شد. (آرشیو مرکز اسناد، کد 17601)

محمد متحدی و مسعود تقی‌زاده نیز به جرم قتل شهید قاضی طباطبایی به اعدام محکوم شدند که حکم 8 بهمن 1360 در محل برگزاری نماز جمعه تبریز به اجرا درآمد. (367 تا 371)

البته برخی از اعضای گروه فرقان که نقش کمتری در این گروه داشتند مشمول عفو شدند و در دوران دفاع مقدس به جبهه‌ها رفتند و بعضی از آنها به شهادت رسیدند.