به دنبال این حمله خودرو شیخ نمر به دیوار یکی از منازل برخورد می‌کند و خود شیخ نیز از ناحیه ران پا زخمی می‌شود تا پس از آن نیروهای امنیتی سعودی وی را بازداشت و او را در بیمارستان نیروهای امنیتی ریاض بستری کنند.

پس از دستگیری شیخ نمر اعتراضات مردمی زیادی در مناطق شرق عربستان انجام شد. شیعیان بلافاصله به خیابان‌ها ریختند و نیروهای امنیتی رژیم سعودی به شدت آنها را سرکوب کردند، به گونه‌ای که تنها در روز اول بازداشت سه نفر از معترضان کشته شدند.

با این حال اعتراض گروه‌های مختلف مخالف حکومت ادامه پیدا کرد و آنها به رژیم سعودی نسبت به هرگونه آزار و اذیت شیخ نمر هشدار دادند.

یک گروه هکر به نام «مجاهدون الاحرار» پایگاه‌های اینترنتی پلیس منطقه «الشرقیه»، دادستانی «الباحه» و شورای شهر در استان «الدقیق» عربستان را در اعتراض به بازداشت و احتمال حکم اعدام شیخ نمر هک کردند.

اندک خبرهایی که این عالم برجسته در طول مدت بازداشت به بیرون درز پیدا کرده تاکید می‌کند که وی دست به اعتصاب غذا زده و به دلیل جراحات ناشی از اصابت گلوله در وضعیت جسمی بسیار وخیمی به سر می‌بردند. همچنین به گفته برخی از نزدیکان وی، شیخ در طول مدت بازداشت، تحت شکنجه شدید قرار گرفته که منجر به شکستن پا و دندان‌های او شده است.

این روحانی شیعه سرشناس عربستانی ازسوی رژیم سعودی به اتهاماتی از قبیل «فتنه انگیزی» و «دعوت به برهم زدن وحدت ملی» متهم است، به همین دلیل دادگاه ویژه کیفری ریاض در 26 مارس سال جاری میلادی رسیدگی به پرونده وی را درحالی آغاز کرد که امکان ایستاد روی پا را نداشت و با صندلی چرخدار در دادگاه حاضر شده بود.

دادستان سعودی در همان اولین جلسه محاکمه این روحانی شیعه خواستار اجرای اشد مجازات یعنی «اقامه حد حرابه» یا «قتل تعزیری» علیه وی شد. به گفته فعالان سیاسی، اتهامات سیاسی زیادی در پرونده شیخ النمر دیده می‌شود.

این فعالان سیاسی می‌گویند، شیخ نمر همچنین با اتهاماتی نظیر «تحریک برای تخریب اموال دولتی»، «دخالت در امور بحرین» و «تحریک به ارتکاب جرایم تروریستی در این کشور» مواجه است. در حالی‌که فعالان محلی و خانواده این روحانی سرشناس شیعه عربستانی می‌گویند، شیخ نمر تنها از تظاهرات مسالمت آمیز حمایت کرده و خود را از هرگونه مخالفت شدید با حکومت دور نگه داشته است.

پس از آن اخباری در برخی از منابع خبری سعودی منتشر شد، مبنی بر اینکه دستگاه قضایی عربستان این روحانی شیعه را به محاربه متهم کرده و دادستانی این کشور برای وی تقاضای حکم اعدام کرده که با اعتراض‌های شدید مردمی در منطقه الشرقیه مواجه شد.

شیخ نمر درحالی دومین سال بازداشت خود در زندان‌های رژیم سعودی را سپری می‌کند که سازمان دیده‌بان حقوق بشر در می گذشته از مقامات عربستان سعودی خواستار تضمین محاکمه عادلانه شیخ نمر و قرار داشتن وی تحت مراقبت‌های پزشکی لازم شده بود.

این سازمان حقوقی  به نقل از یکی از افراد خانواده وی اعلام کرد که شیخ نمر از معالجه پزشکی کافی و مناسب بهره نمی‌برد و «ساره لیا ویتسن»، مدیر اجرایی بخش خاورمیانه و شمال آفریقا دیده‌بان حقوق بشر در این‌باره گفت: شرم‌آور است که حکومت سعودی با شخصیتی با جایگاه شیخ نمر این‌گونه برخورد می‌‌کند و مقامات سعودی، درخواست‌های مکرر خانواده وی را مبنی بر افزایش مراقبت‌های پزشکی از وی را نادیده می‌گیرند.

شیخ نمر همواره در سخنرانی‌هایش از مقامات عربستان سعودی به شدت انتقاد می‌کرد.