منصور ابراهيم‌زاده بار ديگر در سال 1387 به تيم ذوب‌آهن اصفهان بازگشت ولي اين بار به عنوان سرمربي، او در نخستين تجربه حرفه‌اي خود به عنوان سرمربي تيم ذوب آهن اصفهان در حالي كه در فصل 88-87 مسابقات در ليگ برتر ايران به عنوان نايب قهرمان رساند و تيم رقيب استقلال تهران به لطف تفاضل گل بهتر قهرمان شد و شاگردان ابراهيم‌زاده در همان فصل قهرمان جام حذفي فوتبال ايران شدند. در فصل 88-89 شاگردان ابراهيم‌زاده كه براي دومين فصل سرمربي‌گري ابراهيم‌زاده را تجربه مي‌كردند توانستند نايب قهرماني ليگ برتر شده و به مقام نايب قهرماني مسابقات ليگ قهرمانان آسيا برساند تا كارنامه‌ي ذوب آهن را در آن فصل رنگين‌تر كنند.

ابراهیم زاده براي سومين فصل پياپي هم سرمربي‌گري ذوب آهن را در ليگ برتر بر عهده گرفت و اين تيم را در رده‌بندي‌ها به مقام سوم رساند وي يك فصل ديگر در اين تيم حضور داشت و در فصل بعدي هدايت تيم نفت تهران را بر عهده داشت و با اين تيم جايگاه پنجم ليگ برتر را كسب كرده زماني كه ابراهيم‌زاده سرمربي ذوب آهن بود در ليگ قهرمانان آسيا بازي‌هاي خوبي از خود به نمايش گذاشت خصوصا دو پيروزي برابر تيم قدرت‌مند بنياد كار ازبكستان سبب شد همگان تيم ذوب آهن را تحسين كنند. اين در حالي بود كه تيم ذوب آهن اصفهان ستارگان زيادي در اختيار نداشت و همين موضوع سبب شد تا بسياري عملكرد منصور ابراهيم‌زاده را به عنوان سرمربي بستايند به خصوص كه تيم او توانسته بود تيم بنياد كار تحت هدايت مربي سرشناس فيليپه اسكولاري را با تمام ستارگانش از جمله ريوالدو، چپاروف، دنيلسون و... را دو بار شكست دهد. 

ذوب آهن با غلبه بر تيم پرافتخار الهلال توانست براي اولين بار به ديدار پاياني اين مسابقات صعود كند كه در ديدار پاياني نتوانست پس از 18 سال جام قهرمان آسيا را براي يك تيم ايراني به دست بياورد و با نتيجه 3 بر 1 مغلوب تيم كره‌اي شد او همچنين در اين سال كانديداي انتخاب به عنوان بهترين مربي شد.

او در اين رقابت‌ها توانست تيم‌هاي قدرت‌مندي چون بنيادكاران ازبكستان، الاهلی عربستان، پومانگ استيلرز كره جنوبي كه خود مدافع عنوان قهرماني بود و الهلال عربستان را از پيش‌رو بردارد ابراهيم‌زاده هم‌اكنون سكان هدايت تيم راه‌آهن سورنيت را بر عهده دارد که در ليگ برتر هم حضور دارد.