در 23 بهمن 1390 هیات 5 نفره شورا متشکل از "حجت‌الاسلام محمد محمدیان"، "علی اکبر ولایتی"، "محمدرضا مخبر دزفولی"، "حجت‌الاسلام محسن قمی" و "غلامعلی حدادعادل" با رئیس هیأت امنای دانشگاه آزاد اسلامی در دفتر مجمع تشخیص مصلحت نظام دیدار کردند که تصمیم‌گیری نهایی به پایان بحث‌های بعدی موکول شد. پس از این دیدار فرهاد دانشجو ضمن دفاع مجدد از انتخاب خود در جلسه قبلی هیات امنا دانشگاه، گفت اگر رای‌گیری مجدد انجام شود از نامزدی خودداری خواهد کرد.
انتخاب دانشجو از همان روز نخست با موضع گیری برخی اشخاص حقیقی و حقوقی وابسته به دانشگاه آزاد روبرو شد؛ به نحوی که گویی رویه سیاسی‌کاری بر پیکره دانشگاه آزاد سایه انداخته و برخی سیاسیون از مجرای این دانشگاه بدنبال پیشبرد اهداف و اغراض سیاسی خود هستند.
تلاش‌هاي پشت پرده براي بركناري دانشجو آغاز ميشودپس از انتخابات 24 خرداد 1392 و پیروزی گفتمان اعتدال که به روی کار آمدن دولت تدبیر و امید انجامید، در بدنه برخی از وزارتخانه‌ها و سازمان‌های دولتی تغییراتی ایجاد شد، البته بیشترین تغییرات در ساختار وزارتخانه‌ای بود که با سرپرست اداره می‌شود؛ یعنی "وزارت علوم، تحقيقات و فناوري".
از آنجا که به موجب ماده 10 اساسنامه دانشگاه آزاد، وزیر علوم و وزیر بهداشت دو عضو کابینه دولت هم خود از اعضای هیئت امنا دانشگاه آزاد به حساب می‌آیند؛ شاید بتوان عزل فرهاد دانشجو از ریاست دانشگاه آزاد را از این زاویه قابل بررسی دانست.
" محمد حسين پركره" مشاور عالي رييس سابق دانشگاه آزاد قبل از برگزاري جلسه 27 شهريور كه به عزل دانشجو از رياست اين دانشگاه انجاميد، طي مصاحبه اي با
باشگاه خبرنگاران اظهار داشت: هم اکنون آیت‌الله هاشمی و حجت الاسلام والمسلمين سید حسن خمینی از مدیریت فرهاد دانشجو تعریف و تمجید می‌کنند و از عملکرد آن رضایت دارند در این میان سرپرست وزارت علوم، توفیقی و دوستان به دلیل گرایش تند و اصلاح‌طلب خود با آیت‌الله هاشمی بحث دارند.
حمايت از دانشجو و مخالفت با سياسي‌كاري در بدنه دانشگاههمچنين تشكل‌هاي مختلف دانشجويي در دانشگاه آزاد با بالا گرفتن بحث پيرامون تغيير در مديريت دانشگاه و عزل دانشجو با صدور بيانيه‌هايي نسبت به سياسي‌كاري در ساختار مديريتي دانشگاه هشدار دادند و حمايت خود از رئيس وقت دانشگاه آزاد را اعلام داشتند.
براي مثال جمعي از دانشجويان و فعالان دانشجويي دانشگاه آزاد واحد پرند طي بيانيه‌اي اعلام كردند: مدتی است خبرهای حاشیه‌ای در فضای دانشگاه آزاد اسلامی پیچیده شده است. رئیس دانشگاه فردی ولایت‌مدار، اخلاق‌گرا و مدیری دانشمند از بدنه دانشگاهیان است و به دور از حاشیه‌سازی‌های سیاسی وارد محیط علم و عمل در دانشگاه شده است، اما انگار کسي نمي‌داند که اين دانشگاه چه زمانی روی آرامش را به خود خواهد ديد.
در ادامه اين بيانيه آمده بود: مدیری که فارغ از جریان‌ها و گرایش‌های سیاسی و بر اساس مدیریت علمی فعالیت کند، نبايد زخم رفتارهای سیاسی به پیکره وي و دانشگاه وارد شود.
اما واكنش‌ها نسبت به عزل دانشجو تنها محدود به تشكل‌ها و رسانه‌ها نبود؛ نمايندگان مجلس و برخي از سياسيون نيز بركناري دانشجو در اين شرايط و در اين برهه زماني را مصلحت نمي‌دانستند.
"قاسم احمدي لاشكي" رييس كميته آموزش و پژوهش تحقيق و تفحص از دانشگاه آزاد نيز طي مصاحبه‌اي با
باشگاه خبرنگاران اظهار داشت: اکنون زمان مناسبی برای عزل "فرهاد دانشجو" نیست، چرا که در آغاز سال تحصیلی جدید هستیم و با عزل وی تنها این دانشگاه را در بلاتکلیفی قرار می‌دهیم.
باوجود تمام انتقادات و واكنش‌ها، گويي دست‌هايي در كار بود تا همانگونه كه صدرالدين شريعتي از رياست دانشگاه علامه كنار گذاشته شد، فرهاد دانشجو نيز از رياست دانشگاه آزاد برکنار شود.
دانشجو پيش از عزل طي سخناني در نشست خبري، مهترين دستاورد خود در 600 روز جلوس بر كرسي رياست دانشگاه آزاد را، جداكردن سياست زدگي و وارد كردن اخلاق به محيط دانشگاه آزاد عنوان كرد.
دانشجو كه گويي ميدانست در جلسه هيئت امنا روز 27 شهريور به احتمال زياد حكم عزلش را از دستان رييس هيئت امنا دريافت خواهد كرد، در نشست خبري خود با زبان گلايه چنين گفت: در سخت‌ترین شرایط سیاسی آرامش را در دانشگاه آزاد حفظ کردیم و این توفیقات جای تشویق دارد و نه اینکه حکم استیضاح و عزل را صادر کنند و این نهایت بی انصافی و بی اخلاقی است.
بي انصافي و بي اخلاقي‌اي كه دانشجو از آن صحبت مي‌كند شايد ريشه در كينه سياسي اشخاص و جرياناتي دارد كه گويي به قول خودشان پيام وكلاي ملت در ندادن راي اعتماد به وزير پيشنهادي علوم را نفهميده‌اند و قصد دارند محيط سالم دانشگاه و ضمير پاك دانشجويان را آلوده اميال و اغراض سياسي خود كنند.
عزلی که پیچ و تابش بسیار بودعزل دانشجو در شرايطي صورت گرفت كه خبرگزاري‌ها در روزهاي 17 و 18 شهريور به نقل از یک منبع نزدیک به هیئت امنای دانشگاه آزاد اعلام کرده بودند، طی روزهای گذشته شش نفر از اعضای هیئت امنای این دانشگاه با تهیه صورتجلسهای، به دنبال عزل فرهاد دانشجو از ریاست دانشگاه آزاد و انتصاب حمید میرزاده عضو هیئت امنای این دانشگاه به سرپرستی آن هستند.
به گفته اين منبع، اعضاي هيئت امناي دانشگاه آزاد طي نامه‌اي به رييس هيئت امنا با استناد به ماده 11 اساسنامه و تبصره يک آن خواستار برگزاري جلسه هيئت امناي دانشگاه شدند. در ذيل اين نامه امضاي چهار عضو هيئت امنا يعني "جعفر توفيقي سرپرست وزارت علوم"، "حسن قاضي زاده هاشمي وزير بهداشت"، "حميد ميرزاده" عضو هيئت موسس و "بهمن يزدي صمدي" "نماينده شوراي عالي انقلاب فرهنگي" به چشم مي‌خورد.
اما جعفر توفیقی سرپرست وزارت علوم همان شب طي مصاحبه‌اي با تأکید بر اینکه صورتجلسهای مبنی بر عزل رئیس دانشگاه آزاد امضا نکرده است، گفت: عزل رئیس دانشگاه آزاد روال قانونی دارد و بنده صورتجلسهای مبنی بر عزل رئیس این دانشگاه امضا نکرده‌ام.
توفيقي مجددا 25 شهریور در جمع خبرنگاران و در حاشیه آیین افتتاح پروژه‌های عمرانی دانشگاه زنجان، در پاسخ به سوالی در خصوص عزل دانشجو از ریاست دانشگاه آزاد گفت: رفتن فرهاد دانشجو در دستور کار هیئت امنای دانشگاه آزاد نیست.
از سويي ديگر در همان روز، دانشجو كه نشست خبري برگزار كرده بود، اعلام داشت: به بنده گفته‌اند برای حفظ آبروی خودتان استعفاء دهید وگرنه عزل‌تان می‌کنیم.
سرانجام با تمام کش و قوس‌ها، جلسه هيئت امنا دانشگاه آزاد در تاريخ 27 شهريور 1392 برگزار شد و از 8 عضو حاضر در جلسه، 6 نفر به عزل دانشجو از رياست دانشگاه آزاد راي دادند و حميد ميرزاده که در سال 1386 با پيشنهاد هاشمي رفسنجاني به عضويت هيئت موسس دانشگاه آزاد در آمده بود به عنوان سرپرست دانشگاه آزاد منصوب شد.
