در سال 67 وارد وزارت آموزش و پرورش شد و از سال 68 که هاشمی رفسنجانی رئیس جمهور شد به عنوان وزیر معرفی شد.

در سال 72 و نیز به عنوان وزیر آموزش و پرورش فعالیت کرد.

ایجاد مدارس نمونه دولتی و غیر انتفاعی تغییر نظام آموزش به سمت واحدی و افزایش حقوق معلمان از مهم ترین اقدامات نجفی در دوره فعالیتش بود.

نجفی سوابق اجرایی بسیاری دارد از جمله سوابق وی رئیس دانشگاه صنعتی اصفهان ، وزیر فرهنگ و آموزش عالی، معاون آموزش صدا و سیما ، وزیر آموزش و پرورش، معاون رئیس جمهور و رئیس سازمان برنامه و بودجه ، مشاور رئیس جمهور، وزیر صنایع و معاون و عضو شورای شهر تهران عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی و ... می باشد.