وى هنوز پنج ساله نشده بود كه پدرش دارفانى را وداع گفت و مادرش كه زني تحصيلكرده در زمينه علوم دينى بود عهده‌دار تربيت وى شد، البته مادرش سال‌ها بعد و زمانى كه محمودآخوندى ۳۷ سال داشت، در سال ۱۳۴۹ درگذشت.
 
 پس از فوت پدر محمود آخوندى، مادر او كه زنى فداكار و مهربان بود و وضع مالى خوبى داشت عهده‌دار تربيت فرزند شد. درآن روزگار اكثر مردم به ويژه زنان از نعمت سواد و دانش بى‌بهره بودند اما مادر وى تحصيلكرده بود، يعنى آن زمان، علوم دينى را از پدر محمود آخوندى كه از عالمان بنام آن عصر بود آموخته بود.
 
 مادرش قرآن را با صدايى دلنشين مى‌خواند و همين، تأثير بسزايى بر محمود آخوندى داشت، به طورى كه قرائت قرآن را بر هر موسيقى ديگرى ترجيح مى داد.
 
محمود آخوندى تحصيلات ابتدايى خود را در شهرستان اهر آغاز كرد و براى آموزش دوره متوسطه ۶ساله به تبريز رفت. بعد در رشته حقوق قضايى وارد دانشگاه تهران شد و پس از اخذ ليسانس قضايى راهى كشور سوئيس شهر نوشاتل شد.
 
آخوندى در رشته حقوق جزا پايان‌نامه دكتراى خود را با فرانسوا كلر گذراند كه پايان‌نامه‌اش در باره حقوق جزاى اسلامى و تأثير آن در حقوق جزاى ايران در سال ۱۳۴۰ بود.
 
با اين همه امروزه دانشجويان و اساتيد حقوق و قضا، او را به خاطر كتاب ۱۰جلدى آيين دادرسى كيفرى‌اش مى شناسند. كتابى كه به زعم خودش: «طى سال‌ها مطالعه در كشورهاى مترقى جهان و تحقيق در روش‌هاى دادرسى كيفرى آنها و مدت‌ها اشتغال به امر قضا و تدريس در دانشكده‌هاى حقوق تهيه شده است.»
 
وي در اين كتاب تلاش مى‌كند تا مطالبش را برمبناى حقوق مدون جمهورى اسلامى ايران و براى استفاده علمى و عملى دانشجويان حقوق و كارآموزان قضايى كه دراين كشور با قانون و امور جزايى سر وكار دارند تهيه كند و تمام هم و غمش تلاش براى ارائه آيين كيفرى «به گونه اى كه بايد باشد » و نه «به صورتى كه وجود دارد » است و هدفش از اين كار را چنين بيان مى‌كند: « سعى شد آيين دادرسى كيفرى را به گونه‌اى كه بايد باشد ارائه نمايم نه به صورتى كه وجود دارد ؛ تا دانشجويان عزيز ضمن يادگيرى اصول دادرسى كيفرى درجمهورى اسلامى ايران با تئورى‌ها و نظريات دانشمندان ديگر كشورها نيز آشنا گردند.»
 
محمود آخوندى از معدود كسانى است كه معتقد است: روش‌هاى دادرسى كيفرى، اصول شناخته شده‌اى است كه در دنياى فعلى به آن عمل مى‌شود و منطبق با تحقيق دانشمندان در شناخت شخصيت انسان‌هاست. بشريت بعداز قرن‌ها مبارزه، چاره‌انديشى، ايثار و از خود گذشتگى توانسته است آنها را به دست آورد و در پناه آن از امنيت قضايى بهره‌مند گردد. بنابراين نبايد غفلت ورزيد و به سهولت آنها را از دست داد.»
 
از منظر او ، امروزه ميليون‌ها انسان تحت پوشش همين اصول زندگى اجتماعى آرام و بى دغدغه‌اى را مى‌گذرانند و از امنيت قضايى كيفرى برخوردارند.
 
دادرسى كيفرى در كشورهاى عقب افتاده هم خواه ناخواه با پيشرفت فرهنگ عمومى جامعه در همين مسير قرار خواهد گرفت و اين قواعد و روش‌ها الهام بخش آنها خواهد بود؛ و بالاخره روزى خواهد رسيد كه ملل محروم جهان نيز از نعمت يك دادرسى عادلانه و منطبق با شئون انسانى بهره‌مند شوند.
 
محمود آخوندى در روزگار جوانى به دليل علاقه و استعدادى كه در درس رياضى داشت ، هميشه مى‌خواست در اين رشته ادامه تحصيل دهد اما به علت عظمتى كه آن زمان قاضى بودن داشت، اصرار خانواده‌اش باعث شد تا حقوق را براى ادامه تحصيل برگزيند.
 
خودش مى‌گويد: زمانى فارغ التحصيل شدم كه ۲۳ يا ۲۴ ساله بودم و براى قضاوت كردن بايد حداقل ۲۵ ساله بودم و نمى‌توانستم قاضى شوم. به همين علت بايد ادامه تحصيل مى‌دادم و چون كشور سوئيس از لحاظ قضاوت در رتبه بالايى بود و مثلاً سالى چندبار بيشتر دادگاه‌هايش تشكيل جلسه نمى‌داد و هر وقت جرمى اتفاق مى‌افتاد قاضى را دعوت مى‌كردند كه پرونده‌اى تشكيل شده براى رسيدگى تشريف بياوريد براى من جالب بود و به همين دليل اين كشور را براى ادامه تحصيل انتخاب كردم.
 
همسر محمود آخوندى از دانشجويان خودش در دوره كارشناسى ارشد شهيد بهشتى است كه فوق ليسانس حقوق است و فوق ليسانس آمار را نيز از يکي از دانشگاه‌هاى آمريكا دارد. آخوندى دو فرزند دارد كه هر دو پسرند و اولى پزشك است و در آمريكا دوره ديده و دومى مهندس الكترونيك و در صدا و سيما مشغول به كار است.
 
با اين همه اداره مذكور منحل شد و آخوندى دوباره به حوزه مورد علاقه خودش يعنى تدريس و پژوهش در دانشگاه بازگشت، پايه علمى آخوندى در عالم حقوق و قضا در ايران بسيار ارجمند و رفيع است. چه او با توجه به مدارك علمى و كار تحقيقى بسيار به عنوان اولين پرفسور حقوقى ايران مشهور است و در سوابق علمى‌اش، سابقه عضويت در هيأت علمى دانشگاه هاوايى آمريكا ديده مى‌شود.
 
گرچه او پس از شركت در كنكور دادگسترى و گذراندن دوره كارآموزى در اهر به عنوان اولين دادرس دادگاه شهرستان اهر و بعد رئيس اين دادگاه مشغول به كار شد و شش ماه دادرس على‌البدل بود و سپس بازپرس دادسراى تبريز شد و مأموريت پيدا كرد كه در دانشگاه ملى (شهيد بهشتى) حقوق جزا تدريس كند.
 
 به همين دليل او مجبور شد از آذربايجان به كرج منتقل شود و در اين شهر داديار شود. او سپس به عنوان داديار دادسراى تهران منصوب شد و پس از آن به اداره حقوقى دادگسترى انتقال پيدا كرد و مأمور خدمت در دانشگاه ملى و معاون آموزشى دانشكده حقوق آن دانشگاه شد.
 
او معتقد است كه ما نمى‌توانيم انسان‌ها را از حق محاكمه شدن محروم كنيم.
 
 آخوندى از معدود حقوقدانانى است كه تلاش بسيارى براى احقاق حقوق حقه مردم ايران از طريق فرهنگ و علم كرده‌ و بهتر است براى اين همه سال زحمت و خون دل خوردن قدردان او و امثال او باشيم.