هم اکنون مساحت کل این مسجد 9410متر مربع می باشد و دارای یک صحن و چهار ایوان و هفت شبستان بزرگ است . در دو طرف ایوان مقصوره دو مناره زیبا ،‌هر یک به بلندی 40 متر قرار دارد . کتیبه ای به خط « بایسنغر» میرزای تیموری که از خوشنویسان مشهور زمان خود بوده است ،‌در حاشیه دهنه ایوان به یادگار مانده است .

در ایوان مقصوره این مسجد منبر صاحب الزمان (ع) قرار دارد . این منبر در سال 1243 ه. ق به شیوه منبت کاری از چوب گردو ساخته شده است و آهن‌ومیخ‌در آن بکار نرفته است .

این مسجد کتابخانه ای عمومی نیز دارد که دارای 34650جلد کتاب است .

کتابخانه قدیمی در ضلع شرقی صحن امام خمینی قرار داشت و سابقه تاسیس آن به سال 618 می رسید که بدلیل افزایش تعداد کتابها و مراجعین ،‌ساختمان جدید کتابخانه به نام کتابخانه مرکزی بین بست طبرسی و بست بالا با پیش بینی 5 میلیون جلد کتاب ساخته شد و در سال 1374شمسی افتتاح گردید .

کتابخانه مرکزی با ظرفیت یک میلیون جلد کتاب (قابل افزایش تا 5 میلیون جلد ) هم اینک متجاوز از نیم میلیون جلد کتاب به 43 زبان رایج دنیا را دارا می باشد که حدود 32هزار نسخه آن خطی ،‌1000 نسخه عکسی و بقیه چاپی است .

از بین کتب چاپی تعداد 35هزار نسخه آن به زبانهای خارجی است که علاوه بر آن حدود 27 هزار حلقه میکروفیلم از نسخه های خطی نفیس این کتابخانه و سایر کتابخانه های داخل وخارج کشور از جمله اسپانیا این موزه یکی از زیباترین و غنی ترین موزه های ایران به شمار می رود .

ساختمان موزه در ضلع شرقی صحن « امام خمینی » قرار دارد و قدمت اشیاء‌ آن به قرن ششم هجری می رسد از آثار بی نظیر این موزه اولین سنگ مرقد امام هشتم (ع) است که به خط کوفی برجسته   با نهایت ظرافت حجاری شده است./س