علت اصلی بروز عفونت‌های مختلف در ادرار کودکان ورود باکتری به دستگاه ادراری و تکثیر آن است. این باکتری‌ها در اغلب موارد از روده و به کمک مدفوع وارد دستگاه ادراری کودکان یا نوزادان می‌شوند که در این صورت دستگاه ادراری آلوده خواهد شد.
از طرف دیگر کودکانی که با معضل یبوست دست‌وپنجه نرم می‌کنند در معرض خطر ابتلا به عفونت ادراری قرار دارند. اما علت عفونت‌های ادراری در نوزادان و کودکان تنها در همین دو عامل خلاصه نمی‌شود. رفلاکس ادرار می‌تواند عامل دیگری در بروز این عارضه به‌شمار بیاید.