متن پیام آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه کشور بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
وَلَنَبْلُوَنَّکُمْ بِشَیْءٍ مِنَ الْخَوْفِ وَالْجُوعِ وَنَقْصٍ مِنَ الْأَمْوَالِ وَالْأَنْفُسِ وَالثَّمَرَاتِ وَبَشِّرِ الصَّابِرِینَ
ملت شریف و مسلمان بوسنی و هرزگوین
با نهایت تأسف و تأثر، خبر وقوع سیل ویرانگر در مناطق مختلف شهر‌های شما را دریافت کردیم. این حادثه ناگوار که منجر به از دست رفتن جان عزیزان و خسارات فراوان شده است، قلب ما را به درد آورده و ما را در غم و اندوه شما شریک ساخته است.
از طرف مردم عزیز ایران، حوزه‌های علمیه، علما و مراجع معظم، مراتب تسلیت و همدردی عمیق خود را به شما و خانواده‌های داغدار اعلام می‌داریم.
در این لحظات سخت، دعا می‌کنیم که خداوند متعال به بازماندگان صبر و شکیبایی عطا فرماید و جان‌باختگان را در بهشت برین جای دهد.
بی شک امدادرسانی به مسلمانان گرفتار در بلایای طبیعی، وظیفه‌ی هر آزاداندیش مسلمانی است.
همچنین، حوزه‌های علمیه ایران آمادگی کامل خود را جهت هرگونه کمک و همکاری در جهت کاهش آلام و بازسازی مناطق آسیب‌دیده اعلام می‌دارد.