بر اساس داده‌های سامانه برخط کنترل کیفیت هوای سازمان محیط‌زیست (منطقه اصفهان) شاخص هوای این کلانشهر در ایستگاه خیابان ۲۵ آبان با عدد ۸۸، میدان انقلاب ۶۵، خیابان احمدآباد ۹۶، بزرگراه خرازی ۸۰، پارک زمزم ۷۶، دانشگاه صنعتی ۵۷، خیابان رودکی ۸۲، خیابان رهنان ۶۸، خیابان زینبیه ۷۰، سپاهان‌شهر ۶۷، خیابان فرشادی ۵۹، خیابان‌های میرزا طاهر و فیض ۶۴، بولوار کاوه ۹۰، کردآباد ۷۴ و ولدان با عدد ۵۳ AQI وضعیت قابل قبول را نشان می‌دهد.
همچنین شاخص هوای شهر شاهین‌شهر با میانگین ۶۹، خمینی‌شهر ۹۲، کاشان میانگین ۵۶ و مبارکه ۹۵ AQI وضعیت قابل قبول و در قهجاورستان با میانگین ۱۱۶ و سجزی ۱۰۶ AQI ناسالم برای گروه‌های حساس را نشان می‌دهد. ایستگاه سنجش آلودگی شهرک صنعتی محمودآباد، نجف آباد و زرین شهر قطع است.
شاخص کیفی هوا از صفر تا ۵۰ هوای پاک، ۵۱ تا ۱۰۰ هوای سالم، ۱۰۱ تا ۱۵۰ ناسالم برای گروه‌های حساس، ۱۵۱ تا ۲۰۰ ناسالم برای عموم، ۲۰۱ تا ۳۰۰ بسیار ناسالم و ۳۰۱ تا ۵۰۰ خطرناک است.
این شاخص به طور معمول برای پنج آلاینده هوا شامل مونوکسیدکربن (CO)، اُزن (O ۳)، دی اکسید نیتروژن (NO ۲)، دی اکسید گوگرد (SO ۲) و ذرات معلق زیر ۲.۵ میکرون (PM ۲.۵) اندازه گیری و به طور روزانه در ایستگاه‌های پایش هوا، ثبت می‌شود.
شاخص کیفی هوا (Air Quality Index) معیاری است که غلظت ترکیبات مختلف آلاینده موجود در هوا نظیر مونوکسید کربن، دی اکسید گوگرد، ترکیبات نیتروژن دار، اوزون و ذرات معلق (ذرات کوچک‌تر از ۱۰ میکرومتر و ذرات کوچک‌تر از ۲.۵ میکرومتر) را که دارای حدود مجاز متفاوت با واحد‌های مختلف است به یک عدد بدون واحد تبدیل می‌کند و وضعیت آلودگی هوا را نمایش می‌دهد.