یافته‌های دیوان محاسبات کشور از میزان رعایت قوانین منابع و مصارف هدفمندی یارانه‌ها تا پایان اردیبهشت‌ماه سال ۱۴۰۳ حاکی است که میزان منابع وصولی در این بازه زمانی ۵۴ درصد و مصارف آن ۷۱ درصد بوده و همچنین وجوه واریزی به حساب سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها از محل منابع حاصل از فروش صادراتی فرآورده‌های نفتی با کسر سهم صندوق توسعه ملی ۴۵ درصد بوده است.
دیوان محاسبات کشور در راستای جلوگیری از ناترازی منابع و مصارف و شفافیت در نحوه وصول درآمد‌های حاصل از اجرای قانون هدفمندی یارانه‌ها پیشنهاد داده تا تمامی منابع حاصل از اجرای قانون از مبدا وصول به حساب متمرکز نزد بانک مرکزی واریز و امکان رصد توسط سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها فراهم شود.