مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه در بیانیه ای تعطیلی مراکز اسلامی آلمان را موجب رسوایی مدعیان دروغین آزادی دین و عقیده و بیان عنوان کرد؛ متن بیانیه مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
وَمَا نَقَمُوا مِنْهُمْ إِلَّا أَنْ یُؤْمِنُوا بِاللَّهِ الْعَزِیزِ الْحَمِیدِ (سوره مبارکه بروج آیه ۸)
آنها هیچ ایرادی بر مؤمنان نداشتند جز اینکه به خداوند عزیز و حمید ایمان آورده بودند.
اقدام دولت آلمان در تعطیلی مسجد و مرکز اسلامی هامبورگ به عنوان نگین فیروزه‌ای شهر هامبورگ و همچنین تعطیل نمودن مراکز اسلامی دیگر در آن کشور، که براساس طرحی صهیونیستی صورت پذیرفت یادآور سیاست‌های نژادپرستانه نازی‌ها است.
شایان یادآوری است این مسجد و مرکز تاریخی تأسیس شده از سوی مرجعیت شیعه و وابسته به آن و ملجأ مسلمانان از همه مذاهب و گروه‌ها و ترویج دهنده اندیشه متعالی اسلام و همزیستی صاحبان ادیان بوده و خواهد بود.
دولت آلمان که مانند سایر دولت‌های غربی مدعی آزادی بیان و عقیده و دینداری است با پیروی از سیاست‌ها و معیار‌های های دوگانه ویک جانبه گرایی در برابر تحولات و حوادث جهان و بویژه جنایات نژاد پرستانه و ددمنشانه رژیم غاصب صهیونیستی علیه مردم بی دفاع غزه، خود را در برابر منطق محکم مراکز اسلامی عاجز یافته لذا در حرکتی که نوعی فرافکنی و فرار به جلو تلقی می‌شود تنها چاره را در آن دیده که صورت مسئله را پاک نموده و مراکز اسلامی را تعطیل نماید؛ و البته تعطیلی این مراکز بدون تردید نه تنها موجب جلوگیری از نشر اندیشه‌های اسلامی و فریاد مظلومیت مردم فلسطین نخواهد شد بلکه موجب رسوایی مدعیان دورغین آزادی دین و عقیده و بیان خواهد گردید.
حوزه‌های علمیه ضمن محکوم نمودن این اقدام دولت آلمان از کشور‌های اسلامی تقاضای اتخاذ عکس العمل مناسب را می‌نماید و از دولت آلمان انتظار می‌رود هرچه سریعتر ازاین تصمیم برگردد و جبران نماید.