پرداخت مالیات یکی از دغدغه‌های فعالان بازار و کسب‌وکار‌های خصوصی است، اما دولت به دلیل اهمیت توسعه اقتصاد دانش‌بنیان شرکت‌های دانش‌بنیان را از پرداخت مالیات معاف کرده است.
این معافیت طبق قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش بنیان و تجاری سازی نوآوری‌ها و اختراعات (مصوب سال ۱۳۸۹ مجلس شورای اسلامی) لحاظ می‌شود. بر اساس این قانون درآمد فروش کالا و خدمات دانش‌بنیان تا سقف ۱۰ میلیارد تومان معاف از مالیات است. قبل از این قانون شرکت‌های دانش‌بنیان بر اساس سطح فناوری محصولات از مالیات معاف می‌شدند. اما اکنون محصولات سطح‌بندی نمی‌شوند.
کارگروه ارزیابی و تشخیص صلاحیت شرکت‌ها و موسسات دانش بنیان و نظارت بر اجرا فهرستی از محصولاتی را که مشمول معافیت مالیاتی می‌شوند منتشر و این فهرست را مرتب به‌روزرسانی می‌کند. هر محصولی که در این فهرست تایید شود برای ۳ سال مشمول از معافیت مالیات است.
همچنین در این نوع معافیت مهم نیست شرکت دانش‌بنیان در چه سطحی قرار دارد و نوپا، نوآور و فناور است، سطح فناوری محصول تولیدی عامل معافیت به حساب می‌آید.
علاوه بر این نوع معافیت، در شیوه نامه جدید درآمد فروش همه شرکت‌های دانش‌بنیان نوپا فارغ از سطح محصولی که تولید می‌کنند، تا سقف ۵ میلیارد تومان فارغ از مالیات است. اگر شرکت دانش‌بنیان بر اساس روش قبلی ارزیابی به عنوان شرکت مستعد تایید شده باشد یا هنوز به نمونه اولیه محصول دست پیدا نکرده باشد، نمی‌تواند از این معافیت برخوردار شود.
همچنین هر شرکتی برای بهره‌مندی از معافیت مالیاتی باید فرایند سه‌مرحله‌ای را طی کند؛ در مرحله اول باید محصول خود را در سامانه یکپارچه اینترنتی دانش بنیان ثبت کند، برای این کار حداکثر تا پایان سال مالی وقت دارد.
ارزیابی انطباق نام‌های تجاری اعلام شده با محصول مشمول معافیت مالیاتی تایید شده از طرف کارگزار تحصصی، بررسی مستندات فروش محصول و نهایی‌سازی محصول مشمول معافیت مالیاتی توسط دبیرخانه و اعلام به شرکت حداکثر تا ۴ ماه بعد از سال مالی و در نهایت راستی‌آزمایی اسناد فروش توسط سازمان امور مالیاتی و تخصیص معافیت مالیاتی روند‌های بعدی است که شرکت‌های دانش‌بنیان برای برخورداری از معافیت باید آن را طی کنند.