آیت الله ناصر مکارم شیرازی در پیامی آمده‌است: خبر رحلت استاد متخلق آیت الله شیخ علی نکونام گلپایگانی رحمة الله علیه موجب تأسف و تألم گردید. سال‌ها کوشش و تلاش این عالم ربانی و تربیت هزاران نفر از شاگردان و طلاب از آثار خیر ایشان در حوزه علمیه است که ان شاء الله اجر آن را یوم المعاد خواهند دید.
پیام حاکیست: اینجانب این ضایعه را به شاگردان، ارادتمندان و خصوصاً خانواده محترمشان تسلیت عرض نموده و علو درجات وی و صبر و اجر بازماندگان را از درگاه خداوند متعال مسألت دارم.
آیت الله نکونام گلپایگانی عضو فقید جامعه مدرسین حوزه علمیه قم روز پنجشنبه ۲۱ تیرماه دارفانی را وداع گفت و پیکر آن مرحوم روز جمعه گذشته از مسجد امام حسن عسکری (ع) به سمت حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه (س) تشییع شد.
آیت الله علی نکونام گلپایگانی در سال ۱۳۲۳ هجری شمسی در سعید آباد گلپایگان چشم به جهان گشود. پدرش کشاورز بود و انس بسیاری با قرآن و نماز شب داشت؛ مادرش خانمی اهل تهجد و عبادت و از خانواده‌ای روحانی بود.
او حصیلات خود را از مکتب خانه آغاز کرد و پس از فراگیری روخوانی قرآن مجید به دبستان رفت. او دروس دوره دبستان را به پایان برد و سپس دروس دینی را آغاز کرد. ابتدا به حوزه علمیه اراک رفت و پس از سه سال ـ یعنی در سال ۱۳۴۰ ـ به قم عزیمت کرد.
هدف او از استقرار در قم بهره مندی بیشتر و بهتر از استادان و فرزانگان آن دیار عالم خیز بود. او به سرعت دروس مقدمات و دروس دوره سطح را به پایان برد و در درس خارج فقه و اصول استادان مشهور دوره خود حضور پیدا کرد. در طی این سال‌ها در درس اخلاق استادانی، چون آقا سید حسین فاطمی و آقای حاج شیخ عباس تهرانی شرکت جدی داشت تا علم خود را با عمل توامان سازد.
آیت الله علی نکونام، در طول دوران تحصیل به محضر استادان بسیاری شرفیاب شد. در درس شرح لمعه استادان حضرات آیات و حجج اسلام صلواتی، حرم پناهی، سید ابوالفضل موسوی تبریزی و علم الهدی مشهدی حاضر شد و قوانین را نزد آیه الله اعتمادی و کفایه را نزد آیات عظام فاضل لنکرانی و نوری همدانی و نیز مکاسب را نزد آیت الله خزعلی آموخت.
خارج فقه را عمدتاً از درس مرحوم آیت الله گلپایگانی، خارج اصول را عمدتاً از درس حضرت آیت الله العظمی وحید خراسانی استفاده نمود. در قسمت‌هایی از خارج فقه و اصول در درس‌های آیات عظام حاج شیخ جواد تبریزی و حاج هاشم آملی شرکت داشت.
آن مرحوم در سال ۱۳۸۳ عضو جامعه مدرسین شد و از سال ۱۳۸۸ عضویت هیئت ارشاد و تذکیر را پذیرفت.
او از سال ۱۳۹۱ به مدت چهار سال به عضویت شورای عالی حوزه‌های علمیه منصوب شد و از سال ۱۳۹۲ به عضویت مجمع مشورتی فقهی شورای نگهبان درآمد.