فصل سوم سند تحول و تعالی قوه قضاییه، با عنوان «نظام مدیریتی اجرای برنامه تحول» در ۹ مبحث به موضوعات مربوط به نظام مدیریتی در قوه قضاییه می‌پردازد.
مبحث هفتم از فصل نهم سند تحول قضایی، تحت عنوان «تعامل با سایر قوا و نهادها» چهار برنامه برای بهبود عملکرد قوه قضاییه ارائه می‌دهد.
برنامه سند تحول برای ارتقای تعامل قوه قضاییه با سایر قوا و نهادها
سند تحول و تعالی قوه قضاییه برای ارتقای نحوه تعامل قوه قضاییه با سایر قوا و نهادها ۴ برنامه کوتاه‌مدت (تا پایان سال ۱۴۰۳) ذیل را مشخص کرده است:
۱) تشکیل کمیته تخصصی به‌منظور ارائه نظرات مشورتی به رییس قوه قضاییه جهت طرح در جلسات شورای‌عالی هماهنگی اقتصادی سران قوا، شورای‌عالی امنیت ملی، شورای‌عالی انقلاب فرهنگی و شورای‌عالی فضای مجازی
حوزه ریاست قوه قضاییه مسئولیت تشکیل این کمیته را برعهده دارد.
۲) تقویت تعامل قوه قضاییه با مجلس شورای اسلامی از طریق:
تشکیل کارگروه‌های مشترک با کمیسیون‌ها به‌ویژه کمیسیون قضایی و حقوقی، کمیسیون اصل نود و کمیسیون اقتصادی و مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی به‌منظور فراهم‌سازی امکان هم‌افزایی در فرآیند اصلاح و تصویب قوانین مورد نیاز در اجرای سند تحول
تشکیل کارگروه‌های استانی با حضور روسای کل دادگستری‌ها و نمایندگان مجلس شورای اسلامی
تسریع در رسیدگی به گزارش‌های ارسالی از سوی مجلس شورای اسلامی با اولویت گزارش‌های تحقیق و تفحص و کمیسیون اصل نود و اعلام نتایج اقدامات انجام شده معاونت اول، حوزه ریاست، معاونت حقوقی و امور مجلس، وزارت دادگستری و دادگستری استان‌ها مسئولیت اجرای این برنامه را بر عهده دارند.
۳) تشکیل کارگروه‌های مشترک بین قوه قضاییه و قوه مجریه به منظور هم‌افزایی در زمینه مسائل مهم مانند تدوین قوانین و مقررات، بودجه، اداری و استخدامی در سطح ملی و تشکیل کارگروه‌های متناظر در سطح استان‌ها
تشکیل این کارگروه‌ها بر عهده معاونت اول، حوزه ریاست، وزارت دادگستری، معاونت حقوقی و امور مجلس، معاونت منابع انسانی و امور فرهنگی، معاونت مالی، پشتیبانی و امور عمرانی و دادگستری استان‌هاست.
۴) اجرای «دستورالعمل جامع امور نمایندگان قوه قضاییه و نظارت بر مراجع شبه قضایی» و پیگیری ابلاغ آراء به‌صورت الکترونیکی به ذی‌نفعان، شفاف‌سازی معیار‌ها و فرآیند انتخاب نمایندگان بر اساس گذراندن دوره‌های آموزشی لازم و نظارت سامان‌های بر عملکرد نمایندگان
معاونت اول، معاونت منابع انسانی و امور فرهنگی و دادگستری استان‌ها مسئولیت اجرای این موضوع را برعهده دارند.