پلیس فراجا با چالش‌ها و مشکلات متعددی مواجه است که می‌تواند تأثیرات مهمی بر عملکرد و کارایی این نیرو داشته باشد.برخی از مهم‌ترین چالش‌ها و مشکلات پیش روی پلیس فراجا عبارت اند از؛ منابع مالی و بودجه،تجهیزات و فناوری، آموزش و توسعه نیروی انسانی، جرائم سایبری، تعامل با جامعه،مبارزه با قاچاق، حقوق و رفاه کارکنان، چالش‌های قانونی و قضایی، مسائل فرهنگی و اجتماعی، مبارزه با تروریسم و جرائم سازمان‌یافته، تحولات سیاسی و بین‌المللی، مدیریت بحران.
محدودیت‌های مالی و بودجه‌ای می‌تواند بر تجهیزات، آموزش و توسعه نیروی انسانی تأثیر بگذارد. به تجهیزات مدرن و فناوری‌های جدید برای مقابله با جرائم پیشرفته‌ترنیاز است. برخی از تجهیزات پلیس ممکن است قدیمی و نیازمند به‌روزرسانی باشند.افزایش جرائم سایبری و پیچیدگی‌های جدید نیاز به فناوری‌های پیشرفته‌تری مانند سیستم‌های نظارت و اطلاعات دارند.به آموزش‌های تخصصی برای مقابله با جرائم پیچیده‌تر و نوین است. جذب و حفظ نیرو‌های با استعداد و متخصص برای اطمینان از کارایی و اثربخشی نیروها وجود دارد.
رشد سریع جرائم سایبری و نیاز به تخصص‌های ویژه برای مقابله با آنها به چشم می آید.کمبود نیرو‌های متخصص در زمینه امنیت سایبری و فناوری اطلاعات هم مشهود است.به بهبود و حفظ اعتماد عمومی نسبت به پلیس نیاز است.اهمیت تعامل سازنده با جامعه برای پیشگیری از جرائم و ایجاد محیط امن‌تر وجود دارد.مبارزه با شبکه‌های قاچاق مواد مخدر و کالا که نیاز به همکاری بین‌المللی و تجهیزات پیشرفته دارد.چالش‌های جغرافیایی و مرزی که مبارزه با قاچاق را پیچیده‌تر می‌کند.توجه به حقوق و مزایای کارکنان پلیس برای افزایش انگیزه و رضایت شغلی هم است.بهبود شرایط کاری و رفاهی نیرو‌های پلیس هم مشهود است.
به قوانین و مقررات به‌روز برای مقابله موثر با جرائم جدید نیاز است. همکاری موثر با سیستم قضایی برای پیگیری و محاکمه مجرمان وجود دارد.مدیریت مسائل مرتبط با تنوع فرهنگی و اجتماعی در مناطق مختلف همم نیاز است. افزایش آگاهی عمومی درباره نقش پلیس و اهمیت همکاری جامعه با نیرو‌های انتظامی هم مشهود است. مقابله با تهدیدات تروریستی که نیاز به هماهنگی بین‌المللی و تجهیزات ویژه دارد.
مبارزه با جرائم سازمان‌یافته و شبکه‌های جنایی که پیچیدگی‌های خاص خود را دارد.تحولات سیاسی و بین‌المللی که ممکن است بر امنیت داخلی تأثیرگذار باشد.تحریم‌ها و محدودیت‌های بین‌المللی که می‌تواند دسترسی به تجهیزات و فناوری‌های پیشرفته را محدود کند.آمادگی برای مدیریت بحران‌های طبیعی مانند زلزله، سیل و سایر حوادث غیرمترقبه.به تیم‌های واکنش سریع و آموزش دیده برای مدیریت موثر بحران‌ها نیاز است.با توجه به این چالش‌ها، پلیس فراجا نیازمند برنامه‌ریزی استراتژیک، بهبود مستمر فرآیند‌ها و استفاده از فناوری‌های نوین برای افزایش کارایی و اثربخشی خود است. همچنین، همکاری نزدیک با جامعه و دیگر نهاد‌های دولتی و غیردولتی می‌تواند به بهبود شرایط و حل مشکلات کمک کند.
سردار حسین رحیمی با بیان سیر تحولی ناجا و اینکه نیروی انتظامی از بدو تأسیس و به خصوص از ابتدای انقلاب اسلامی تاکنون فراز و فرودهای بسیار را طی کرده و امروز در مقایسه با دوره‌های قبلی، از بلوغ و رشد قابل توجهی برخوردار است هر چند که تا ایده آل مورد نظر فاصله فراوان داریم، گفت: امروز با تدابیر صورت گرفته، نیروی انتظامی در جایگاه بسیار خوبی قرار دارد هر چند که معتقدیم بیشتر از اینها باید تلاش کرد.