حجت الاسلام و المسلمین مصطفی رستمی رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها در پی شهادت رئیس جمهور پرهیزگار، مردمی، خدوم و ولایت مدار ایران اسلامی عزیز خادم الرضا آیت الله رئیسی و همراهان ایشان پیام تسلیتی صادر کرد که متن آن به شرح زیر است:
بسم الله الرحمن الرحیم
من المؤمنین رجالٌ صدقوا ما عاهدوا اللّه علیه ۖ فمنهم من قضیٰ نحبه ومنهم من ینتظر و ما بدّلوا تبدیلًا
خبر شهادت رئیس جمهور پرهیزگار، مردمی، خدوم و ولایت مدار ایران اسلامی عزیز خادم الرضا آیت الله رئیسی و همراهان ایشان آقایان آیت الله آل هاشم نماینده مقام معظم رهبری در استان و امام جمعه محبوب تبریز، دکتر امیرعبدالهیان وزیر انقلابی وزارت امور خارجه و همراهان ایشان سبب اندوه و تاثر دانشگاهیان شد.
شهادت در راه خدمت بی وقفه و مخلصانه به مردم، افتخار بزرگی است که نصیب این بزرگواران شد و ملت ایران همیشه قدردان مجاهدت‌ها و خدمات ارزنده و ماندگار آنان است. شهادت آمال و آرزوی این بزرگ مردان بود که خداوند منان آن را نصیب شان کرد و در تاریخ ایران و دل‌های مردم جاودانه شدند.
سید ابراهیم رئیسی امروز ظاهرا در میان ما نیست، اما سلوک او و خصائل ویژه اش، چون مردمداری، حضور واقعی در میدان، پاکدستی، مبارزه با فساد و... به مثابه یک منظومه‌ی مدیریتی تا ابد زنده است به گونه‌ای که نصاب روسای جمهور شایسته‌ی ملت ایران را بالا برد.
ملت شریف ایران روز‌های سختی، چون سال‌های دهه‌ی شصت را دیده اند که در مدت کوتاهی عزیزانی، چون شهید بهشتی، شهید رجایی، شهید باهنر و همراهان و سنگرانشان را از دست دادند، اما نتیجه صبر و بردباری در آن شرایط سخت با رهبری داهیانه‌ی امام امت سترگ شدن درخت تناور انقلاب اسلامی بود، امروز هم ملت ایران خادمان خود را خوب می‌شناسند و اشارت رهبر انقلاب را خوب می‌فهمند لذا انشالله خون این شهید عزیز سبب ساز پیروزی‌های بزرگ و وحدت و همگرایی بیشتر در ملت خواهد شد.
اینجانب شهادت رئیس جمهور عزیز و همراهانشان را به محضر امام زمان ارواحنا له الفداء، رهبر عظیم الشان انقلاب اسلامی و ملت سرافراز ایران و مردم غیور آذربایجان تبریک و تسلیت گفته و از خداوند منان برای آنان علو درجات و برای ملت ایران صبر جزیل خواستارم.