پس از پیروزی انقلاب، در ۲۳ بهمن، سرلشکر قرنی، ضمن اعاده به ارتش با درجه سرلشکری به عنوان رئیس ستاد ارتش انقلاب، با حکم امام خمینی (ره) منصوب شد خدمات بسیار زیادی را انقلاب انجام داد، اما روز سوم اردیبهشت ۱۳۵۸، ساعت ۱۱ سرلشکر سید محمد ولی قرنی که در منزل شخصی‌اش توسط حمید نیکنام یکی از اعضای گروهک محارب و منحرف فرقان ترور شد.
ترور شهید سرلشکر قرنی، نخستین جنایت گروهک تروریستی فرقان است.