طرح شفافیت قوای سه‌گانه، دستگاه‌های اجرایی و سایر نهادها در تاریخ ۱۴۰۱/۰۱/۲۳ به صورت دوفوریتی در مجلس یازدهم اعلام وصول شد و در تاریخ ۱۴۰۱/۰۳/۰۱ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید.
مصوبه مذکور چندین مرتبه پس از ارسال به شورای نگهبان با ایراد‌ها و ابهام‌های متعدد از سوی شورای نگهبان و هیئت عالی نظارت بر حُسن اجرای سیاست‌های کلی نظام مواجه شد و در نهایت مجلس شورای اسلامی بر مصوبه خود اصرار کرد و این مصوبه به مجمع تشخیص مصلحت نظام برای تعیین تکلیف ارسال شد.
پس از رفت‌وآمدهای بسیار طرح شفافیت و واکنش‌هایی که نسبت به آن وجود داشت، محمدصالح جوکار رئیس کمیسیون امور داخلی کشور و شوراها در مجلس شورای اسلامی در ۱۵ مهر ۱۴۰۲ به خبرنگار باشگاه خبرنگاران جوان درباره طرح شفافیت قوای سه‌گانه گفت: شفافیت زمانی معنا پیدا می‌کند که همه دستگاه‌ها در چارچوب آن باشند. وقتی هیئت عالی نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام در یک نوبت نظر داد و طرح به مجلس آمد در نوبت بعدی که برگشت و اشکال نگرفتند هیئت عالی نظارت دیگر حق ورود مجدد به آن را ندارد.
وی اظهار کرد: در موارد اختلافی با شورای نگهبان، مصوبات خود را به مجمع می‌فرستیم. اختلاف بر سر این بود که مجمع تشخیص مصلحت نظام و هیئت عالی نظارت نباید در حوزه مذاکرات و آرا شامل طرح شفافیت شوند لذا در مجمع تشخیص رای‌گیری کردند و به اتفاق آرا مصوبه مجلس را به مصلحت تشخیص ندادند که در اینجا مصوبه باید به مجلس می‌آمد و مجلس این دو حوزه را حذف می‌کرد و تبدیل به قانون می‌شد و نباید مجددا به شورای نگهبان می‌رفت، اما آمدند برابر ماده ۲۹ آیین نامه داخلی مجمع تشخیص ورود پیدا کردند.
رئیس کمیسیون امور داخلی کشور و شوراها در مجلس بیان کرد: ماده ۲۹ می‌گوید اگر در صورتی که مقام معظم رهبری اجازه دادند مجمع می‌تواند در بقیه مواد به غیر از مواد غیراختلافی مجلس و شورای نگهبان ورود پیدا کند. اینجا یک حلقه مفقوده‌ای داریم که هیئت عالی نظارت ورود پیدا کرده که این خلاف قانون است.
جوکار تاکید کرد: بنابر ماده ۲۹، مجمع تشخیص مصلحت نظام می‌تواند ورود پیدا کند و هیئت عالی نظارت نمی‌تواند چراکه یک بار نظر داده است لذا روش رسیدگی به آن اشکال دارد.
وی اظهار کرد: محل اختلاف بین مجلس و شورای نگهبان این بود که گفتند طبق اصل ۱۱۲ قانون اساسی، مجلس نباید برای مجمع تشخیص و هیئت نظارت تعیین تکلیف کند که این مورد اختلافی به مجمع رسید.
رئیس کمیسیون امور داخلی کشور و شوراها در مجلس گفت: دیگر چیزی از این قانون باقی نمانده یعنی کارآمدی طرح شفافیت گرفته شده است.
قبل از عید خبری منتشر شد مبنی براینکه تایید طرح شفافیت توسط هیئت عالی نظارت اعلام شد. در این خصوص محمدصالح جوکار رئیس کمیسیون امور داخلی کشور و شوراها در مجلس شورای اسلامی به خبرنگار باشگاه خبرنگاران جوان گفت: هیئت عالی نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام تاییدیه خود را داده و ما منتظر نظر شورای نگهبان هستیم.
وی ادامه داد: اگر نظر شورای نگهبان هم داده شود دیگر تبدیل به قانون خواهد شد و شفافیت را به‌طور کامل در همه بخش‌ها چه دولت، چه مجلس و چه بخش‌های دیگر خواهیم داشت.
نماینده مردم یزد در مجلس بیان کرد: اصلاحات قانون شفافیت را انجام دادیم و هماهنگی‌های لازم صورت گرفت و الان وضع خوبی پیدا کرده است.
وی اظهار کرد: طرح شفافیت قوای سه گانه طرح کامل و جامعی در همه ابعاد است به هر صورت بحث دارایی‌ها، استخدام‌ها، واگذاری‌ها در بخشی را روشن و مشخص می‌سازد.
چند روز پس از این مصاحبه جوکار، هادی طحان‌نظیف سخنگوی شورای نگهبان در نشست خبری با اصحاب رسانه در ۲۶ اسفند ۱۴۰۲ درباره طرح شفافیت گفت: مجلس اصلاحاتی را در مصوبه شفافیت قوای سه‌گانه، دستگاه‌های اجرایی و سایر نهادها، خود انجام داده بود که برخی از اعضای شورای نگهبان معتقد هستند که با اصلاحاتی که انجام شده است، مجددا یک سری ایرادات به وجود آمده که باید از سوی مجلس رفع شود.
وی بیان کرد: مهم‌ترین ایراد به طرح شفافیت آن است که برخی موارد از شفافیت مستثنی شده بودند و ایراد ما به سازوکاری بود که برای مستثنی کردن برخی موارد از شفافیت در نظر گرفته شده بود.
در همین روز شورای نگهبان در اطلاعیه‌ای درباره طرح شفافیت قوای سه‌گانه اعلام کرد:
شورای نگهبان، طرح شفافیت قوای سه‌گانه، دستگاه‌های اجرایی و سایر نهادها که با اصلاحاتی در جلسه مورخ هشتم بهمن ماه یک‌هزار و چهارصد و دو به تصویب مجلس شورای اسلامی رسیده است؛ در جلسه مورخ ۱۴۰۲/۱۱/۲۵ شورای نگهبان مورد بحث و بررسی قرار داد و با توجه به اصلاحات به‌عمل آمده به‌شرح زیر اعلام نظر می‌کند:
۱_ در ماده ۲،
۱_۱_ ترکیب کارگروه مذکور در تبصره ۲ اصلاحی، مغایر اصول ۵۷، ۶۰ و بند ۱۰ اصل سوم قانون اساسی شناخته شد.
۲_۱_ در تبصره ۲ اصلاحی، سازوکار تشخیص استثنائات مذکور از حکم قانون توسط رئیس قوه مربوط، مغایر بند ۱۰ اصل سوم قانون اساسی شناخته شد.
۳_۱_ ذیل تبصره ۲ اصلاحی، عبارت «مصالح عالی نظام» با توجه به فقدان تعریف قانونی و روشن نبودن مفهوم، ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد.
۴_۱_ تبصره ۲، از این جهت که آیا موارد مغایر امنیت ملی و مصالح عمومی، شامل مصادیقی از امنیت شخصی مانند امنیت عرض و حیثیت اشخاص می‌شود یا خیر، ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد.
۲_ در ماده ۳،
۱_۲_ در تبصره ۱ اصلاحی، منظور از تفویض «نحوه شمول احکام» به آیین‌نامه اجرایی ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد.
۲_۲_ تبصره ۲ اصلاحی، از این جهت که آیا موارد مغایر امنیت ملی یا مصالح عمومی، شامل مصادیقی از امنیت شخصی مانند امنیت عِرض و حیثیت اشخاص می‌شود یا خیر، ابهام دارد؛ پس از رفع ابهام اظهارنظر خواهد شد.
با توجه به ایرادات شورای نگهبان به طرح شفافیت قوای سه‌گانه بار دیگر نمایندگان مجلس شورای اسلامی باید در جهت رفع ایرادات اقدام کنند تا این طرح به قانون تبدیل شود.