برخلاف کانال سوئز، این کانال از یک دریاچه آب شیرین به نام دریاچه «گاتون» تغذیه می‌شود که سطح آب آن اکنون به شدت پایین آمده است این کانال متکی به آب باران است، اما کمبود باران و پدیده‌های آب و هوایی ال نینو به وقوع دومین سال خشک در تاریخ ۱۱۰ ساله این کانال منجر شده است.