بر اساس ماده ۲۷ قانون مالیات بر ارزش افزوده، صنایعی که به طریقی سبب آلایندگی آب، هوا و خاک می‌شوند، باید خسارتی را که به محیط زیست وارده کرده‌اند، بپردازند که این پرداخت خسارت با عنوان عوارض آلایندگی شناخته می‌شود.
بر اساس همین قانون سازمان حفاظت محیط زیست در کل کشور وظیفه پایش، سنجش و تعیین آلاینده بودن و تعیین مقدار عوارض آلایندگی صنایع را بر عهده دارد و این عوارض پرداخت شده باید در مسیر توسعه فضای سبز، توسعه حمل و نقل عمومی، رفع آلایندگی و به طور کلی مسائل محیط زیستی هزینه شود، اما نکته جالب این بند قانون جایی است که می‌گوید علی‌رغم اینکه تعیین صنعت آلاینده با سازمان حفاظت محیط زیست است، اما این هزینه در اختیار سازمان شهرداری‌ها و دهیاری‌ها قرار می‌گیرد!
این موضوع بار‌ها با اعتراض سازمان حفاظت محیط زیست روبه‌رو شده و علی سلاجقه؛ رییس سازمان حفاظت محیط زیست چندین بار از نمایندگان مجلس خواسته تا با اختصاص ۱۰۰ درصد عوارض آلایندگی به صندوق ملی محیط زیست موافقت کرده تا این تضمین وجود داشته باشد که این هزینه، صرف اقدامات محیط زیستی بشود. این خواسته هنوز با مخالفت نمایندگان مجلس روبه‌رو است.
در این رابطه، زهره عبادتی؛ معاون محیط زیستی انسانی اداره کل محیط زیست تهران گفت: به استناد ماده ۲۷ قانون مالیات بر ارزش افزوده، سازمان حفاظت محیط زیست هر سال مکلف است که واحد‌هایی که آلاینده آب، خاک و هوا هستند را به سازمان امور مالیاتی معرفی کند و این واحد‌ها عوارضی را پرداخت می‌کنند که سازمان امور مالیاتی این عوارض را در اختیار سازمان شهرداری‌ها و دهیاری‌ها قرار می‌دهد و در روستا‌های فاقد دهیاری نیز این مبلغ در اختیار فرمانداری‌ها قرار می‌گیرد.
وی ادامه داد: آن چیزی که در قانون مالیات بر ارزش افزوده پیش‌بینی و در آیین نامه اجرایی آن آمده است، صراحتاً گفته است که حداقل ۵۰ درصد این عوارض باید در توسعه حمل و نقل عمومی، توسعه فضای سبز و اقدامات زیست محیطی هزینه بشود، اما متاسفانه علی‌رغم پیگیری‌هایی که ما در سطح استان داشتیم تاکنون هیچ کدام از شهرداری‌های گزارشی بابت هزینه‌کرد خود نداده‌اند.
معاون محیط زیستی انسانی اداره کل محیط زیست تهران تأکید کرد: با توجه به کمبود اعتباراتی که سازمان محیط زیست و اداره کل‌های محیط زیست استان‌ها دارند و با توجه به اینکه صفر تا ۱۰۰ پایش این صنایع نیز با محیط زیست است، ما به عنوان محیط زیست تهران درخواست می‌کنیم که این عوارض به صندوق ملی محیط زیست و در واقع سازمان حفاظت محیط زیست برگردد.