حجت‌الاسلام والمسلمین سید حمید روحانی رئیس بنیاد تاریخ‌پژوهی و دانشنامه انقلاب اسلامی در مورد دادگاه‌های رسیدگی به جنایات منافقین گفت: حرکت قوه قضاییه در برپا کردن دادگاه‌هایی برای رسیدگی به جنایات منافقین کاری بسیار ارزشمند است، اگرچه بهتر بود تا این اجرای قانون کمی زودتر شکل می‌گرفت، اما باید به صورت مبسوط و مشروط‌تر منعکس شده تا حقایق بیشتری از ابعاد خطا‌ها و جنایت‌های منافقین نسبت به مردم عزیز ایران در اعترافات مشخص شود.
وی به ثبت تاریخ ماهیت و عملکرد گروهک جنایتکار منافقین اشاره و بیان کرد: من در کتاب «نهضت امام خمینی (ره)» جلد سوم مفصلاً در مورد ابعاد عملکرد فرقه جنایتکار منافقین صحبت کردم و از سرشت و ابعاد تفکرات آن‌ها مطالب گسترده‌ای را مطرح کردم. نکته دیگر اینکه حرکت و رشد منافقین در قالب احزاب در دوران قبل و سال‌های اول انقلاب سیاسی قابل تامل و پیگیری است.
روحانی اشاره‌ای به رویکرد و ساختار فرقه جنایتکار منافقین داشت و افزود: آنان در قالب جریان‌های سیاسی دست به اقداماتی زدند نتایج آن به شهادت رسیدن بسیار از مردم بی‌گناه بود که هرگز قابل بخشیدن نیست.
رئیس بنیاد تاریخ‌پژوهی و دانشنامه انقلاب اسلامی به بررسی رویکرد این گروهک تروریست پرداخت و تاکید کرد: ریشه فرقه جنایتکار منافقین به جریان‌های بیگانه اشاره دارد و در برخی مواقع کاملاً مشخص نیست که آنان از کجا خط می‌گرفتند، اما آنچه مسلم است اینکه این گروهک هیچ اعتقادی به اسلام نداشتند و حتی هنگامی که در نجف با امام خمینی (ره) صحبت کردند و به معرفی خود پرداختند، اما راحل درباره آن‌ها فرمودند: گروهک جنایتکار منافقین «مجاهدین خلق» کتاب‌های خود را آوردند و من مطالعه کردم بعد دیدم که آنان ارتباطی با اسلام ندارند. اما از آنجایی که اسلام بیش از هزار سال در رگ و ریشه این مردم نفوذ کرده بنابراین آن‌ها از نام اسلام استفاده کردند تا دیدگاه کمونیستی خود را در پشت آن پنهان کنند.
وی تصریح کرد: اکنون بعد از گذشت چندین سال فرقه جنایتکار منافقین عملاً چهره واقعی و پنهان خود را نشان داده و عاقبت ماهیت آن‌ها برای همه مشخص شد؛ بنابراین سازمان بسیار مشکوک و مرموزی که وابسته به بیگانه بود مورد انزجار قرار گرفت. این گروهک با بیگانگان و دشمنان ارتباط گرفته و حتی برای نابودی مردم با آنان هم‌پیمان شده و در جریان هشت سال جنگ تحمیلی با صدام همراه بودند تا کشور ایران را نابود کرده و در نهایت با ایران وارد جنگ شده و سربازان و رزمندگان ایرانی بسیاری را به شهادت رساندند.
روحانی افزود: ماهیت وابستگی و جیره‌خوار بودن به آمریکا، انگلیس و اسرائیل بخشی از ساختار آنان محسوب می‌شود و در نهایت خداوند آنان را رسوا کرد.
وی بیان کرد: اسناد بسیار زیادی در مورد جنایات منافقین وجود دارد اگرچه ممکن است در دسترس عموم قرار نگرفته باشد. مشکلی که برخی نویسندگان با آن روبه‌رو هستند این است که آنچه به تاریخ انقلاب باز می‌گردد سانسور می‌شود و در دست عموم قرار نمی‌گیرد. به عنوان مثال کتاب «نهضت امام خمینی (ره)» در هیچ کتاب‌فروشی پیدا نمی‌شود.
رئیس بنیاد تاریخ‌پژوهی و دانشنامه انقلاب اسلامی به برخی جریانات شکل گرفته اشاره و تاکید کرد: اکنون کتاب‌هایی که در راستای انقلاب با اسناد موثق نوشته می‌شود بایکوت شده و در کتاب‌فروشی‌ها ارائه نمی‌شود تا از این جهت واقعیت‌ها برای مردم مشخص نشود. متاسفانه جریان خاصی پشت این حرکت وجود دارد. افرادی که تا دیروز مشروطه تاریخ را به دست منحرفین می‌نوشتند اکنون شرایطی متفاوت را در پیش‌گرفته و به دنبال انحراف در تاریخ انقلاب هستند در این مسیر وفاداران به مردم، خدمتگزاران و وفاداران به انقلاب سخت نگران هستند، زیرا امکان دسترسی مردم به حقایق را مخدوش شده است.