رئیس دانشگاه تهران با بیان اینکه دانشگاه و حوزه هر دو لازم و ملزوم هم هستند، گفت: رهبر معظم انقلاب وقتی از وحدت حوزه و دانشگاه صحبت می‌کنند، می‌گویند که وحدت به معنای یکی شدن ساختارهای حوزه و دانشگاه نیست بلکه منظور این است که حوزه و دانشگاه به یک هدف مشترک دست پیدا کنند. با وجود قدم‌های برداشته شده، اما همچنان توفیق چندانی در این زمینه نداشته‌ایم.
مقیمی موانع وحدت حوزه و دانشگاه را به سه حوزه موانع ساختاری، رفتاری و زمینه‌ای، تقسیم و بیان کرد: بحث نظامات آموزشی و ساختار آموزشی متفاوت در حوزه و دانشگاه، اولین تفاوت و مانع در رسیدن به یک زبان مشترک است. نوع روابطی که بین استاد و شاگرد در حوزه برقرار می‌شود نه مبتنی بر نمره و حضور و غیاب، بلکه مبتنی بر یادگیری و محتوای علمی است و حق انتخابی که شاگرد در نظام حوزوی دارد، کمتر در دانشگاه مشاهده می‌شود. ساختار نظام آموزشی در حوزه با نظام دانشگاهی متفاوت است و این باعث می‌شود که برای استفاده از تجربیات متقابل، موانعی وجود داشته باشد.
مقیمی توضیح داد: البته این یک تصور است که حوزه و دانشگاه دارای هدف‌های متفاوت هستند، به این معنا که قلمدادی که از علوم دانشگاهی می‌شود این است که علوم دانشگاهی به جنبه‌های مادی زندگی بشر سر و سامان می‌دهد و علوم حوزوی به تعالی‌بخشی انسان و جنبه‌های معنوی و قرب الهی می‌پردازد. شاید این نوع تصور باعث شده است که فاصله بین حوزه و دانشگاه روز به روز بیشتر شود.
رئیس دانشگاه تهران مانعی دیگر در وحدت حوزه و دانشگاه را ناشی از تقسیم‌بندی نامناسب علوم دانست و گفت: اینکه در تقسیم‌بندی علوم بر اساس هدف، علوم دانشگاهی را مبتنی بر هدف مادی و علوم حوزوی را مبتنی بر اهداف الهی و معنوی بدانیم و یا تقسیم‌بندی علوم دینی و علوم غیردینی را مبنا قرار دهیم، این نوع نگاه به ویژه برای وحدت بخشی حوزه و دانشگاه مضر است.
وی توضیح داد: وقتی علوم را به مادی و معنوی، علوم دینی و غیردینی تقسیم‌بندی می‌کنیم، گویی می‌پذیریم که یک مرزی بدون وجوه مشترک بین علوم دانشگاهی و حوزوی وجود دارد.
رئیس دانشگاه تهران، معیار تعیین‌کننده در اهمیت علوم را نقش آن علم در «تمدن‌سازی» دانست و بیان کرد: هدف همه علوم در نهایت این است که در جهت جامعه پردازی، ما را به تمدن نوین اسلامی برساند. تمدن هم لایه‌های مختلفی دارد، یکی لایه‌های زیرین و زیربنایی و اعتقادی است که قاعدتاً علوم حوزوی باید بیشتر به آن بپردازند و یک سری هم مظاهر مادی است که رشته‌های مهندسی و علوم طبیعی و غیره بیشتر به آن توجه دارند. بنابراین ما باید رویکرد متفاوتی را به علوم دانشگاهی و ماهیت علوم دانشگاهی داشته باشیم و برای ارزش‌گذاری علوم، میزان اثرگذاری و نقش دستاوردهای آن علم را در شکل‌گیری و تقویت تمدن نوین اسلامی در نظر بگیریم.