سرپرست اداره‌کل میراث‌فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی استان اصفهان با اشاره به شرایط اضطراری مسجد تاریخی سید اصفهان و نیاز به مرمت آن گفت: با توجه به بررسی‌های انجام‌شده، گروه مرمتگران اضطراری این اداره‌کل (امانی) با استقرار در این مجموعه تاریخی به این نتیجه رسیدند که پشت‌بام بنای گنبد خانه این مسجد زیبا و تاریخی نیازمند مرمت فوری است.
حمیدرضا محققیان افزود: گروه مرمتگران اضطراری اداره‌کل میراث‌فرهنگی استان عملیات مرمت را که شامل اصلاح بندکشی‌ها و مرمت برخی شکاف‌هایی که در سقف ایجادشده بود را در کمتر از یک هفته به پایان رساندند.
او گفت: این اداره‌کل در حال بررسی وضعیت سرپرستی این مجموعه تاریخی و همچنین بررسی شکاف‌هایی است که در شبستان و بنای گنبد خانه در ضلع غربی این مسجد وجود دارد، که پس از انجام این بررسی‌های کارشناسی، در کوتاه‌ترین زمان اقدام به رفع مشکلات خواهد کرد.
مسجد سید اصفهان از آثار با شکوه دوران قاجار است، چنان که در کتیبه‌ی ایوان نیز آمده ساخت آن در سال ۱۲۵۵ به پایان رسید.
این بنای تاریخی در زمان محمد شاه قاجار به همت حجت الاسلام حاج سید محمد باقر شفتی که از روحانیون بزرگ اصفهان و از مراجع عالی قدر تشیع در زمان خود بود، پایه گذاری شد.
مسجدسید اصفهان با بیش از هشت هزار متر مربع مساحت دارای چهار در اصلی، دو چهل ستون، دو شبستان بزرگ، یک گنبد، سه ایوان و بیش از ۴۵ حجره است، اما مناره ندارد.
این بنا به دلیل مدیریت چندگانه میراث فرهنگی، اوقاف و هیات امناء دچار مشکل شده است. بنایی که علاوه بر فرونشست، بی توجهی در حفظ و نگهداری خطر نابودی آن را بیشتر کرده است.