حجت‌الاسلام والمسلمین حمید ملکی قائم مقام مدیر حوزه‌های علمیه کشور در مراسم بزرگداشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی (ره) در مدرسه علمیه علوی قم، او را عالمی مجاهد، شجاع، زمان شناس و بصیر دانست که عمر پربرکت خود را در راه اعتلای دین و پیروزی انقلاب اسلامی صرف کرد.
او با تاکید بر اینکه انقلاب اسلامی همیشه در اوج قله و پیروزی بوده است، عنوان کرد: این انقلاب با تدبیر امام خمینی (ره) شکل گرفت و با ادامه دادن مسیر ایشان موفق‌تر خواهد بود.
در حاشیه این مراسم، جلد پنجم کتاب نهضت امام خمینی (ره) با موضوع حاج آقا مصطفی خمینی معرفی شد.
سید مصطفی خمینی (۱۳۰۹-۱۳۵۶ش) از مجتهدان و فقیهان شیعه و فعالان انقلاب اسلامی ایران فرزند ارشد امام خمینی (ره) بنیان‌گذار جمهوری اسلامی است. او از ابتدای حرکت امام خمینی (ره) علیه حکومت پهلوی، وارد فعالیت‌های سیاسی شد و مدتی پس از دستگیری و تبعید پدرش، او نیز به اتهام اقدام علیه امنیت ملی ایران به دست ساواک دستگیر و به ترکیه و سپس به همراه پدرش به عراق تبعید شد.
نگاه سیاسی سید مصطفی خمینی از جمله حمایت از جنبش آزادی‌بخش فلسطین و نیز رویکرد نقادانۀ علمی او در زمینۀ علوم اسلامی، جایگاه قابل توجهی را در حوزه علمیه نجف برای او رقم زد. مصطفی خمینی آثار متعددی در فقه، اصول و تفسیر نگاشته است. تفسیر القرآن الکریم، تحریرات فی الاصول و تعلیقات علی الحکمة المتعالیة از آثار اوست. او داماد مرتضی حائری یزدی است.
سید مصطفی در ۴۷ سالگی در ۱ آبان ۱۳۵۶هجری شمسی در نجف اشرف و به طور ناگهانی درگذشت، ساواک و دولت عراق علت مرگ او را بروز سکتۀ قلبی اعلام کردند. با این حال گفته شد حکومت پهلوی و ساواک در مرگ او نقش داشته‌اند؛ مرقد سید مصطفی خمینی، در ایوان طلا حرم امیرالمؤمنین است.
امام خمینی در سخنرانی روز ۱۰ آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، درگذشت سید مصطفی را از الطاف خفیه الهی دانست. درگذشت سید مصطفی به تشدید مبارزه با حکومت پهلوی، تحکیم رهبری امام خمینی و ایجاد وحدت و یکپارچگی در میان نیرو‌های مخالف حکومت پهلوی انجامید. همزمانی وفات مشکوک سید مصطفی خمینی با سالروز ولادت امام رضا (ع) باعث تعطیلی مجالس جشن در برخی شهر‌ها مانند قم شد.