آیت الله حسینی بوشهری در مراسم آغاز سال تحصیلی مجتمع آموزشی پژوهشی ائمه اطهار (ع)، با تبیین برخی دستاورد‌ها و افتخارات حوزه‌های علمیه گفت: رشد و معرفی افراد مومن، فروتن و صاحب فکری همچون میرزای شیرازی، شهید مطهری و شیخ عباس قمی از افتخارات فراموش نشدنی حوزه‌های علمیه است که باید به آن افتخار کرد و روحیه و فکر و زندگی این علما را ترویج داد.
رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم تصریح کرد: حوزه‌های علمیه علاوه بر عالم پروری و معرفی نخبگان دینی وظیفه دارند، برای پاسخگویی به شبهات دشمنان، پاسخ محکم، دقیق و مطلوب ارائه دهند تا طرح سوال و شبهه‌ای بی پاسخ نماند.
آیت الله حسینی بوشهری با بیان اینکه ایجاد شبهه و سوالات انحرافی از سوی مخالفان اسلام چیز بدی نیست و جای هراسی ندارد گفت: آنجا باید ترسید که طلاب و مبلغان حوزه‌های علمیه نتوانند به شبهات دشمنان پاسخ دهند.
رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم افزود: حوزه‌های علمیه همواره باید متناسب با نیاز‌های زمان، کرسی، جلسه و مناظره برگزار و از ظرفیت طلاب در سطوح مختلف برای تبیین ماهیت دین و ارزش‌های اسلام استفاده کنند.
حجت الاسلام مهدی رهنما، معاون آموزش مجتمع آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) هم در حاشیه برگزاری این مراسم گفت: با آغاز سال تحصیلی جدید ۱۳۰ طلبه در رشته‌های مختلف ازجمله فقه الحکومه، فقه پزشکی، کلام، تفسیر، شیعه شناسی در این مجتمع، مشغول تحصیل می‌شوند.