براساس اعلام معاونت درمان وزارت بهداشت، برداشتن سقف کارانه در مناطق محروم در راستای افزایش انگیزه و ماندگاری پزشکان از مهم‌ترین اقدامات این حوزه بوده است.
برداشــت ســقف پرداختــی کارانــه پزشــکان در مناطــق محــروم ســبب افزایــش انگیــزه ارائــه خدمــت، کاهــش لیســت انتظــار بیمــاران، افزایــش کیفیــت ارائــه خدمــت، کاهــش ارجــاع بــه بخــش خصوصــی شــده است.
همچنین در راســتای افزایــش تعــداد پزشــکان تمــام وقــت جغرافیایــی، کاهــش وابســتگی بـه منابـع عمومـی، کاهـش پرداخـت از جیـب مـردم و افزایـش رضایتمنـدی مراجعیـن، سـقف پرداختــی کارانــه پزشــکان در مناطــق محروم برخی شهر‌ها حــذف شد.
همچنین از دیگر اقدامات این معاونت می‌توان به اضافه شدن بسته هـای خدمتـی در حـوزه بیمـاری هـای خـاص، نـادر و صعب العـلاج اشاره کرد.
بر اساس این گزارش، بـا توجـه بـه تصویـب اساسـنامه صنـدوق بیمـاری هـای خـاص و صعـب العـلاج و نـادر در ۲۷ شـهریور ۱۴۰۱ به تدریـج بسته‌های خدمتـی مختلفـی در حـوزه بیمـاری هـای خـاص، نـادر و صعب العـاج اضافه و تحـت پوشـش حمایتـی بیمـه‌ای صنـدوق قـرار گرفـت. بطوریکـه بسـته هـای مذکـور شـامل خدمـات سـرپایی اعـم از ویزیـت، مشـاوره، تصویربـرداری، آزمایشـات، تزریقـات تخصصـی، داروهـا، توانبخشـی، دندانپزشـکی و نیز خدمـات بسـتری اسـت و بعضـا در برخـی از بسـته خدمتـی بسـته بـه ماهیـت بیمـاریهـا تجهیـزات پزشـکی مرتبـط بـه آن لحـاظ گردیـده اسـت.
از دیگر اقدامات مهم معاونت درمان وزارت بهداشت، می‌توان به انجــام اولیــن Uncontrol DCD در بیمارســتان حضــرت رســول اکــرم (ص) اشاره کرد. ایــن روش نویــن پیونــد عضــو بــا کمــک فیلتراســیون خونــی، فاکتورهــای التهابــی از اعضــای فـرد دهنـده را کاهـش میدهـد و موجـب اسـتفاده از اعضـای پیونـدی کـه قابلیـت اهـدا بـه علـت التهـاب ندارنـد، میشـود. سـابقه انجـام عمـل پیونـد پـس از مـرگ مغـزی و مـرگ قلبـی از سـالیان گذشـته وجـود داشـته ولـی عمـل اهـدا پـس از مـرگ حتمـی فـرد اهداکننـده، بـرای نخسـتین بـار در کشـور انجـام شـد.
همچنین از دیگر اقدامات و فعالیت‌های مهم این معاونت می‌توان به، ابلاغ ۴۱۴ محصول دانشی به تمامی مراکز ارایه دهنده و خریدار خدمت سراسر کشور و سازمان پزشکی قانونی، ابلاغ پروتکل مداخات تخصصی مددکاران اجتماعی بیمارستانی در مواجهه با کودک آزاری، سرطان و مددکاران اجتماعی برای افراد دارای اختلال روان در مراکز درمانی و ایجاد نقشه ارجاع بیماران سکته حاد قلبی و مغزی در کشور و نیز لایه بندی خدمات مرتبط با سکته حاد قلبی و مغزی در بیمارستان‌ها اشاره کرد.
ایجاد نقشه ارجاع بیماران سکته حاد قلبی و مغزی به دلیل اهمیت بسیار بالای زمان طلائی ارائه خدمات استاندارد به بیماران سکته حاد قلبی (کمتر از ۲ ساعت از شروع علائم) و در بیماران سکته حاد مغزی (کمتر از ۳ ساعتاز شروع علائم) در اورژانس بیمارستان ها، مورد توجه بوده است چراکه زمان ارائه خدمات درمانی به این بیماران تاثیر مستقیمی در میزان مرگ و میر و عوارض مادام العمر این بیماری‌ها که عمدتا باعث از کار افتادگی فرد می‌شود، دارد.
تدوین و ابلاغ سند جامع پیوند سلول‌های بنیادی خونساز ایران در سرطان، سند جامع پزشکی بازساختی و سلول درمانی ایران در سرطان و سند جامع ژنتیک پزشکی ایران در سرطان و افتتاح هجدهمین و نوزدهمین بخش پیوند مغز استخوان کشور به ترتیب در استان اصفهان و استان کردستان از دیگر اقدامات و فعالیت‌های مهم معاونت درمان وزارت بهداشت است.