تصفیه خانه کشتارگاه صنعتی ملکان با هزینه ۱۱۰ میلیارد ریال راه اندازی شد و قابلیت تصفیه پساب کشتار دو هزار راس دام سبک و ۲۰۰ راس دام سنگین را دارد و این میزان تا ۳۰ درصد قابل افزایش است.
دبی ورودی پساب این تصفیه خانه ۶۰۰ مترمکعب بوده که دبی خروجی هم به همین میزان آب تصفیه شده است و برای مصارف کشاورزی استفاده خواهد شد.
کشتارگاه صنعتی شهرستان ملکان مجهزترین و بروزترین کشتارگاه در منطقه است که با ظرفیت اسمی کشتار ۱۰۰ راس دام سنگین و هزار راس دام سبک در هر نوبت فعال است.
در حال حاضر ۱۷۰ نفر به صورت مستقیم در این کشتارگاه مشغول فعالیت هستند.