پذیرش دانشجوی دکتری دانشگاه مراغه در رشته های ریاضی، آگروتکنولوژی، حشره شناسی کشاورزی و عمران که از طریق آزمون سراسری پذیرش دانشجو دارد به صورت مازاد بر ظرفیت و با رعایت کامل مقررات صورت می‌گیرد.
بر اساس اطلاعیه دانشگاه مراغه علاقمندان برای ثبت نام می‌توانند فرم پذیرش و مدارک اسکن شده خود را به همراه درخواست رشته و گرایش خود تا ۲۰ خرداد به دانشگاه مراغه ارسال کنند.
هم اکنون در دانشگاه مراغه حدود ۳ هزار دانشجو در رشته‌های مختلف و مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری تحصیل می‌کنند.