«نیمه‌شب ۲۴ آوریل» به ابعاد جدیدی از ماجرای تسخیر لانه جاسوسی، نحوه افشای اسناد، نقش موسوی خوئینی‌ها و بنی‌صدر در این رویداد‌ها می‌پردازد.
این مستند در گفتگو با خلبان آمریکایی و واکاوی شهادت شهید محمد منتظرقائم می‌کوشد پاسخی برای چرایی بمباران هلیکوپتر‌های باقیمانده از نیرو‌های مهاجم آمریکایی در صحرای طبس بیابد.
پس از تسلط «دانشجویان پیرو خط امام» بر لانۀ جاسوسی، آمریکا نیروهایش را در عملیاتی موسوم به «پنجۀ عقاب»، به ایران اعزام کرد. بااین‌حال، طوفان شن در طبس باعث شد تا این برنامه نقش‌برآب شود و نیرو‌های آمریکایی در طبس زمین‌گیر شوند. اصرار رئیس‌جمهور مخلوعِ ایران برای بمباران طبس و تلاش نیرو‌های سپاه پاسداران برای دستیابی به اسناد داخل هواپیماها، معما‌هایی را به‌وجودآورده است که این مستند درپی رمزگشایی از آن‌هاست.
پس از عازم‌شدن نیرو‌های سپاه پاسداران به محل حادثه در طبس، تعدادی فانتوم، این منطقه را بمباران می‌کنند و علاوه‌بر به‌شهادت‌رساندن منتظرقائم فرمانده سپاه یزد، تعداد زیادی را هم مجروح می‌کنند.
اگرچه «بنی‌صدر»، دلیلِ بمباران را جلوگیری از احتمال بازگشت آمریکا به ایران و شهادت «منتظرقائم» را سهوی اعلام می‌کند، اما بمباران دوبارۀ هلیکوپتر‌ها در صبحِ روز فردا، نشان از مسائل پشت‌پرده‌ای دارد که این مستند قصد دارد آن‌ها را واکاوی کند. اسنادی که از لانۀ جاسوسی باقیمانده است و اظهارات خلبان آمریکایی، کمک زیادی به بازشدن گره‌های این ماجرا می‌کند.
«نیمه شب ۲۴ آوریل» امشب در سالروز شکست آمریکا در حمله نظامی به جمهوری اسلامی ایران در منطقه طبس ساعت ۲۱ از شبکه مستند پخش می‌شود و تکرار آن روز بعد ساعت ۹ است.