باشگاه استقلال باید تا ۳۱ مارس بدهی‌های داخلی و خارجی را تعیین و تکلیف و مدارک مربوط به آن را در سایت بارگذاری می‌کرد، اما در مهلت تعیین شده نتوانست این کار را انجام دهد. از این رو در نامه‌ای به کنفدراسیون فوتبال آسیا مهلت بیشتری را برای پرداخت بدهی‌های درخواست کرد.
کنفدراسیون فوتبال آسیا با این درخواست موافقت نکرد و اعلام داشت زمان پرداخت بدهی‌ها از مدت‌ها قبل به همه باشگاه‌ها اعلام شده بود و باشگاه استقلال به اندازه کافی برای پرداخت بدهی‌ها فرصت داشت.
به تازگی باشگاه استقلال با مساعدت بانک شهر توانست بدهی‌های داخلی و خارجی خود را پرداخت کند. حالا این کمیته صدور مجوز حرفه‌ای است که تصمیم می‌گیرد، استقلال در لیگ قهرمانان آسیا بماند یا به دلیل پرداخت دیر هنگام بدهی از جدول مسابقات حذف شود. در این باره کمیته صدور حرفه‌ای ۳۱ خرداد تصمیم نهایی خود را اعلام خواهد کرد.