در این گنجینه نسخه‌های نفیسی از سده‌های ۶ تا ۱۳ هجری به چشم می‌خورد که به صورت اهدا و یا خریداری به این مجموعه عظیم افزوده شده است.
کهن‌ترین نسخه نهج البلاغه در این مجموعه کتابت شده به سال ۵۴۴ هجری قمری(۹۰۰ سال قبل) توسط محمد بن محمد بن احمدالنقیب است که در سال ۱۰۶۱ توسط نواب فاضلخان وقف آستان مقدس رضوی شد.
نسخه کتابت شده توسط حسن بن محمد بن عبداللّه بن علی جعفری به سال ۶۳۱ هجری یکی از نفایس این گنجینه مجموعه‌اي از خطبه‌ها، نامه‌ها و سخنان امير مؤمنان علی(ع) است که بنا بر نظر علما صدور همه عبارات آن از حضرت علی(ع) قابل تامّل بوده و گردآورنده آن در برگزيدن سخنان روايت شده از حضرت علي(ع) بررسي لازم را انجام داده و سعي داشته کلمات فصيح و در عین حال مختصر را انتخاب کند.
اين کتاب داراي ۲۳۶ خطبه و ۷۹ نامه و وصيت و۴۸۰ کلمه حکمت آميز کوتاه است که تالیف آن در سال ۴۰۰ قمری به پایان رسیده و دانشمندان زیادی بر آن شرح و حاشیه نگاشته‌اند.
نسخه کتابت شده توسط علی محمد لواسانی متخلص به صفا به خط نسخ عالی در ۱۲۸۰ قمری نمونه‌ای دیگر از این نفایس است که توسط میرزا رضاخان نائینی در ۱۵ مرداد ۱۳۱۱ وقف شده است.
نسخه‌های کتابت شده توسط کاتبانی چون محمد کاظم موسوی درعیانی ۱۱۰۲ قمری به خط نسخ مشکول وقف شده توسط ملا هدایت الله سرایانی و تسلیمی به کتابخانه توسط برادرش عبدالواسع تونی در قرن ۱۲ قمری، نسر بن محمد بن نشر مقری زبیدی شافعی شوال ۸۱۶ قمری نسخ خوش مشکول ۱۷ سطری وقف شده توسط میرزا رضاخان نائينى از دیگر نفایس این مجموعه به شمار می‌رود.
همچنین در این مجموعه نسخه‌های کتابت شده توسط کاتبانی چون محمد بن حسین معروف به برهان نظامی در ۶۷۴ قمری به خط نسخ کهن مشکول و ملا جباب بن احمد بن مهدی در قرن ۹ هجری به زبان عربی وجود دارد که توسط مقام معظم رهبری وقف این آستان شده است.