در حکومت ۱۰۴ ساله ایلخانان در ایران ۱۷ نفر فرمانروایی کردند و موزه مراغه تنها گنجینه این سلسله در کشور است.
این موزه با شش بخش مراغه کهن، سفال، سکه، کتابت، فلز و شیشه یادآور فرهنگ و تمدن مردم ایران در ۷۷۹ سال پیش است.
در بخش سفال موزه تخصصی ایلخانی مراغه از تمام تکنیک‌های رایج سفالگری آن دوره که عصر طلایی سفالگری ایران نیز نام گرفته آثار بی نظیری به نمایش در آمده است.
کاسه، بشقاب، آبریز و انواع ظروف تزئینی از جمله سفال‌های به نمایش در آمده در این موزه است.
در بخش کتابت نیز صفحاتی از قرآن‌های نفیس به نمایش در آمده که برای اولین بار در این قرآن‌ها ترجمه فارسی زیر آیات نگاشته شده است.
مجموعه سکه‌های این موزه نیز شامل ۱۵۰ عدد سکه است که کامل‌ترین و ارزشمندترین سکه‌های دوره ایلخانان مغول بوده و از همه ایلخانانی که در ایران حکومت کردند سکه‌های ارزشمندی به نمایش گذاشته شده است.
در بخش مفرغ و شیشه این موزه نیز آثار گرانبهایی از دوره ایلخانی به نمایش در آمده است.
در بخش مراغه کهن نیز آثار کشف شده از محوطه‌های باستانی و تاریخی شهر‌های مختلف به نمایش در آمده است.
آثار به نمایش درآمده در این موزه از حفاری‌های محوطه‌های باستانی شهر‌های مختلف ایران شامل آذربایجان شرقی، گرگان، همدان، کاشان، خراسان و قزوین به دست آمده است.