رتبه‌بندی دانشگاه‌های ژاپن براساس ۱۶ شاخص ارزیابی شده‌اند که ۳ مورد از محور‌های ارزیابی براساس نظرسنجی از دانشجویان احصا شده است.
دانشگاه «توکوهو» برای چهارمین سال متوالی در صدر رتبه‌بندی دانشگاه‌های ژاپنی قرار گرفت. همچنین «دانشگاه بین‌المللی مسیحی» برای نخستین بار توانست در میان ۱۰ دانشگاه برتر ژاپن قرار گیرد.
۲۷۱ دانشگاه ژاپنی در نظام رتبه‌بندی دانشگاه‌های ژاپنی در سال ۲۰۲۳ حضور دارند. نمرات ستون تنها زمانی ارائه می‌شود که دانشگاه در بین ۲۰۰ رتبه برتر برای آن باشد و به افرادی که بین ۱۵۰ تا ۲۰۰ رتبه‌بندی شده‌اند.
اگرچه دانشگاه توکوهو در صدر جدول دانشگاه‌های ژاپن قرار دارد، اما برخی از دانشگاه‌ها نیز توانسته‌اند پیشتاز برخی از معیار‌ها باشند. به طور مثال، دانشگاه بین‌المللی مسیحی از منظر «تعاملات بین‌المللی» نسبت به دیگر دانشگاه‌های ژاپن برتری دارد.
۱۰ دانشگاه برتر ژاپنی به شرح زیر است:
۱. دانشگاه توکوهو
۲. دانشگاه توکیو
۳. دانشگاه اوزاکا
۴. موسسه فناوری توکیو
۵. دانشگاه کیوتو
۶. دانشگاه کیوشو
۷. دانشگاه هوکایدو
۸. دانشگاه ناگویا
۹. دانشگاه تسوکوبا
۱۰. دانشگاه بین‌المللی مسیحی