برخی از مهمترین اقدامات این معاونت شامل توسعه پزشک خانواده و نظام ارجاع، طراحی سامانه جمع آوری اطلاعات سقط بیمارستانی، اجرای آزمایشی دوراپزشکی و سیستم ارجاع برای مادران پرخطر در سیستان و بلوچستان، تدوین شناسنامه خدمات بانک شیر مادر و تعرفه گذاری برای پوشش بیمه‌ای خدمات، و تالیف شش جلد اطلس سیمای سلامت سالمندان است.
واکسیناسیون کرونا برای اقشار مختلف مردم از جمله اتباع و مهاجران و زندانیان، طراحی سامانه ثبت نام اصناف و صنایع جهت خوداظهاری، توسعه دفاتر خدمات سلامت به تعداد ۲۲۰ دفتر فعال تا کنون، برگزاری پویش‌ها و مناسبت‌های سلامت محور و تولید رسانه‌های آموزشی، تدوین چارچوب اجرایی راهبردی تغذیه در برنامه هفتم توسعه، جذب ۲۰۰ کارشناس سلامت روان در نظام شبکه، تهیه پیشنویس سند سیاست ملی و راهبرد‌های نظام آزمایشگاهی پزشکی و تصویب ۲۰۰ مصوبه در جلسات قرارگاه جوانی جمعیت از دیگر اقدامات این معاونت بوده است.
دسترسی به گزارش کامل عملکرد معاونت بهداشت وزارت بهداشت در فایل قابل مشاهده است.