برای حفظ ذخایر ژنتیک آبزیان رودخانه ارس همه ساله گونه‌های مختلف ماهی از قبیل بیق‌هد، فیتوفاگ، آمور و کپور معمولی در سد خداآفرین رهاسازی می‌شود.
این ماهی‌ها پس از یک دوره دو ساله به بالاترین وزن ممکن برای برداشت می‌رسند.
سالانه از دریاچه سد خداآفرین بیش از ۵۰۰ تن انواع ماهی تولید و به بازار مصرف عرضه می‌شود.