محمد علی زلفی گل، طی احکام جداگانه‌ای دکتر احسان یاوری را به عنوان رئیس دانشگاه آیت الله العظمی بروجردی (ره)، دکتر مریم بردبار را به عنوان رئیس دانشکده علوم انسانی و هنر حضرت معصومه (س)، دکتر فرید نجفی را به عنوان رئیس دانشگاه گیلان، دکتر بهادر کرمی را به عنوان رئیس دانشگاه یاسوج، دکتر محمدرضا حسنایی را به عنوان رئیس دانشگاه هنر، دکتر مرتضی ایزدی فرد را به عنوان رئیس دانشگاه صنعتی شاهرود، دکتر مجتبی گودرزی را به عنوان رئیس دانشگاه صنعتی اراک، دکتر محمد جواد محمودآبادی را به عنوان رئیس دانشگاه صنعتی سیرجان، دکتر مهدی بدیعی را به عنوان رئیس دانشگاه صنعتی جندی شاپور، دکتر مرتضی توکلی را به عنوان رئیس پژوهشگاه ملی اقیانوس شناسی و علوم جوی، دکتر احمد شعبانی را به عنوان رئیس پژوهشگاه شیمی و مهندسی شیمی ایران، دکتر محمدرضا نوایی را به عنوان رئیس پژوهشگاه هوا فضا و دکتر مسعود عالمی نیسی را به عنوان رئیس موسسه تحقیقات جمعیت کشور منصوب کرد.