محمد عرفانی معاون نظارت و پایش اداره‌کل حفاظت محیط زیست خراسان رضوی گفت: در بازدید‌های نظارتی مشکلات و نقاط ضعف متعددی در این مجموعه مشاهده شده که تذکرات لازم و اخطارهای مربوط صادر شده است.
او افزود: اگرچه طی سه سال گذشته برخی مشکلات در این مجموعه مرتفع شده، اما برخی مشکلات جدید ایجاد و برخی نیز تداوم دارد بنابر این آنچه مد نظر اداره کل حفاظت محیط زیست استان است تامین نشده و بسیاری از فضا‌های نگهداری پرندگان مورد تایید نیست.
معاون محیط زیست خراسان رضوی ادامه داد: هم اکنون در مجموعه باغ پرندگان دامپزشک مستقر داریم که بر تمام گونه‌ها و روند نگهداری آنان نظارت وجود دارد، اما متاسفانه در زمینه تغذیه و استاندارد‌های مد نظر محیط زیست هنوز نظر این اداره تامین نشده است.
عرفانی از جمله تخلفات محرز این مجموعه را کیفیت تغذیه برخی گونه‌های پرندگان به خصوص گوشت خواران، سلامت و بهداشت بصری آبخوری‌ها و فضا‌های شنای پرندگان، نگهداری پرندگان در فضا‌های شیشه‌ای آن هم در مسیر مستقیم تابش نور خورشید، تراکم بالا در درون برخی قفس‌ها و نگهداری گونه‌های ناهمجنس در کنار یکدیگر که موجب برخی تنازعات گونه‌ها می‌شود اعلام کرد.
او تصریح کرد: هدف ما حفظ و نگهداری مراکزی مانند مجموعه باغ پرندگان به عنوان مجموعه‌های شاخص است در عین حال رعایت و اجرای استاندارد‌های زیست محیطی نیز مورد تاکید و جدیت است بنابراین از حضور سرمایه گذاران برای ایجاد فضا‌های بزرگ و طبیعی برای نگهداری گونه‌های مختلف و امکان مشاهده آنان در محیط طبیعی برای مردم استقبال می‌کنیم.
"باغ پرندگان مشهد" نخستین مجموعه از نوع خود در شرق کشور است که از سال ۱۳۹۱ آغاز به کار کرده است و انواع پرندگان با گونه‌های کمیاب ایرانی، آسیایی و آفریقایی در آن نگهداری می‌شوند.