ژنتیک غیر متعارف در ویروس آبله میمون شناسایی شد

در مطالعه‌ای که اخیرا در سرور بایورکسیو (bioRxiv) ارسال شده است، محققان مشخصات تکاملی ویروس آبله میمون را تشریح کردند.

بین ۱ ژانویه تا ۱۵ ژوئن ۲۰۲۲، بیش از ۲۱۰۰ عفونت ویروس آبله میمون در ۴۲ کشور شناسایی شده است. نظارت بر قابلیت انتقال ویروسی مربوط به ویروس آبله میمون (MPXV) برای مهار اپیدمی آبله میمون بسیار مهم است.

در مطالعه حاضر، محققان یک ساختار ثانویه اسید ریبونوکلئیک (RNA) غیر متعارف به نام(G-quadruplex (RG۴ را گزارش کردند که در انواع MPXV وجود دارد.
این تیم از یک نقشه‌برداری توالی غنی از G چهارگانه (QGRS) برای ارزیابی توالی‌های احتمالی تشکیل‌دهنده موجود در ژنوم MPXV استفاده کردند.

از آنجایی که MPXV جهش‌های مختلفی را در انواع مختلفش دارد، تیم تحقیقاتی ۱۷۷ توالی ژنومی کامل ویروسی مربوط به ژنوم MPXV را به دست آورد.

نتایج مطالعه نشان داد که از بین تمام توالی‌های ژنوم MPXV، تنها یک PQS در ناحیه مربوط به توالی‌های کدکننده (CDS) در ژن C۹L قرار داشت.ژن C۹L در MPXV پروتئینی شبیه به کلچ را کد می‌کند که در مهار پاسخ‌های ایمنی ذاتی مربوط به میزبان ضروری است.

این تیم به پنج تا هشت تراکت G در ۹ نوع مربوط به C۹L PQS اشاره کرده است. برخی از گونه‌های C۹L PQS لوله‌های G را با سه پایه G نشان می‌دهند، در حالی که برخی دیگر دارای دو پایه G بودند.

علاوه بر این، PQS‌های C۹L مربوط به سویه‌های مختلف ویروسی، نمرات G متنوع و همچنین همپوشانی‌ها را نشان می‌دهند که پایداری و پتانسیل متفاوتی را برای تشکیل G۴ نشان می‌دهد. مشخص شد که پنج دستگاه G موجود در C۹L PQS به شدت در ژنوم MPXV حفظ شده‌اند که نشان‌دهنده یک عملکرد بالقوه در چرخه حیات ویروسی MPXV است.

تیم همچنین مشاهده کرد که MPXV دارای دو کلاس ژنتیکی اصلی یعنی کلاد آفریقای غربی و کلاد آفریقای مرکزی، همراه با زیر کلاس‌های دیگر است.

تمام توالی‌های ژنومی شناسایی شده در موارد MPXV به طور قابل توجهی به یکدیگر مرتبط بودند و متعلق به کلاد B.۱ آفریقای غربی بودند.علاوه بر این، تیم مشاهده کردند که پایداری C۹L RG۴ در کلاد آفریقای مرکزی بیشتر از کلاد آفریقای غربی بود.

سویه‌های مربوط به کلاد آفریقای غربی ناپایدارترین موتیف به نام C۹L-RG۴-۵ را تشکیل می‌دهند، در حالی که سویه‌های متعلق به کلاد آفریقای مرکزی عمدتاً حاوی موتیف نسبتاً پایدارتری به نام C۹L-RG۴-۷-۲G۳ هستند.
این تیم همچنین خاطرنشان کرد که نقوش RG۴ متعلق به سویه‌های MPXV که فواصل تکاملی مشابهی دارند نیز پایداری مشابهی دارند. علاوه بر این، نقوش بسیار پایدار C۹L RG۴، از جمله C۹L-RG۴-۸-۲G۳، C۹L-RG۴-۸-۳G۳، و C۹L-RG۴-۸-۵G۳ تنها در چند سویه شناسایی شدند که نشان دهنده سرایت کم بود.

این داده‌ها نشان داد که تکامل MPXV احتمالاً پایداری C۹L-RG۴ را کاهش می‌دهد و بنابراین گسترش MPXV را تقویت می‌کند.

منبع: بایورکسیو