تعدادی از دستگاه اصلی و فرعی به پنجره ملی خدمات هوشمند متصل نشده‌اند؛ تکلیفی قانونی که باید تا دی عملیاتی شود. سازمان امور مالیاتی یکی از دستگاه‌هایی است که با چند خدمت به پنجره ملی خدمات دولت هوشمند متصل شده.
علاوه بر تبصره ۷ قانون بودجه که تاکید می‌کند تا سامانه‌ها به نوعی سروسامان گرفته و در قالب یک پایگاه قرار بگیرند، رئیس جمهور هم به این موضوع تاکید می‌کند.