متن پیام مقام معظم رهبری به مناسبت ارتحال حجت الاسلام فاطمی نیا به این شرح است:
«بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالمِ واعظِ درس‌آموز، جناب حجت‌الاسلام آقای حاج سیّد عبدالله فاطمی‌نیا رضوان‌الله علیه را به خاندان گرامی و همه‌ی صاحبان عزا و ارادتمندان و مستفیدان ایشان تسلیت عرض می‌کنم. اطلاعات گسترده و بیان جذاب و لحن شیرین این عالم محترم، منبعی پرفیض برای جمع زیادی از جوانان و راهجویان بود و فقدان آن مایه‌ی تأسف و انده است. از خداوند متعال مسألت می‌کنم که رحمت و غفران خود را شامل حال ایشان فرماید و پاداش وافر به ایشان عنایت کند.
سیّدعلی خامنه‌ای
۲۶ اردیبهشت ۱۴۰۱»
همچنین حجت الاسلام سید ابراهیم رئیسی نیز صبح امروز در پیامی به مناسبت درگذشت حجت‌الاسلام والمسلمین فاطمی‌نیا آورده است که « این استاد برجسته اخلاق با کلام و بیان نافذ و سخنان تأثیرگذار، زندگی پرخیر و برکت خود را با اخلاص وقف ترویج و تبلیغ مبانی دینی و اعتقادی در سطوح مختلف کرد و با تألیف آثار ارزشمند کارنامه درخشانی از خود بر جا گذاشت که همچون چراغی فروزان، الهامبخش باقی خواهد ماند.»