پس از ناپدید شدن سیدباقر محسنی، استاد دانشگاه و منتقد تند حکومت طالبان، واکنش‌ها در سطح افغانستان در این مورد اوج گرفته است و شماری از فعالان و کاربران شبکه‌های اجتماعی خواهان آزادی او شده‌اند.
محسنی پس از سقوط حکومت پیشین به‌دست طالبان، بارها در مصاحبه‌های تلویزیونی از حکومت‌داری و سیاست‌های طالبان انتقاد کرده و طالبان را متهم به ایجاد یک حکومت تک‌قومی کرده و نظام طالبان را فاقد مشروعیت داخلی و خارجی خوانده است.
بسیاری‌ها از او به‌عنوان یک چهره نترس و عدالت‌خواه یاد می‌کنند که حرف‌های خود و صدای هزاران شهروندان این کشور را بدون هیچ ترسی به گوش طالبان و جهانیان می‌رساند.
هارون نجفی‌زاده، خبرنگار در توییترش نوشته: «طالبان ابتدا سیدباقر محسنی را تهدید کردند که حرف نزند، نشد؛ از رسانه‌های داخلی خواستند دیگر او را دعوت نکنند، نکردند. صدای عدالت‌خواهی محسنی در دنیای دیجیتال خفه نشد.»
نجفی‌زاده گفت: «او از اختلاف‌های داخلی و زدوبندهای گروهی، منطق سُست سیاسی – مذهبی، وابسته‌گی به پاکستان و خشونت‌گرایی طالبان از کابل حرف زد.»
از سوی دیگر داوود ناجی، مشاور پیشین شورای امنیت ملی می‌گوید، نظامی که با تمام طول و عرض‌‌اش یک منتقد جدی و با سواد را تحمل نکند، سست بنیان است.
ناجی گفت: «طالبان با گذشت هر روز متوجه بی‌ریشگی و بیگانگی خود می‌شوند و حاکمیتی که خانه‌به‌خانه را پناه‌گاه دشمن و انبار اسلحه ببیند، گروهی که از منطق و استدلال محسنی بترسد، بیخش کنده است.»
مجیب مهرداد، شاعر و روزنامه‌نگار نیز در واکنش به بازداشت سید باقر محسنی گفته است که او با صداقت و شجاعت ستودنی و بی‌مانند از خواست‌های مردم با زبان‌رسا در برابر طالبان در کابل سخن می‌گفت.
مجیب گفت : «حالا نوبت مردم است که برای رهایی‌اش تلاش کنند. همه ما باهم تلاش کنیم.»
در همین حال عارف رحمانی، عضو پیشین مجلس نمایندگان نیز گقت طالبان با آن همه ادعا و مدعا در برابر یک انسان آزاده و عدالت‌خواه کم آوردند، سخن و کلام‌اش را تحمل نکردند و سرانجام او را به زندان و زنجیر کشیدند.
رحمانی گفت زندانی کردن محسنی نشان آشکار حقارت و بی‌ریشگی و عدم تغییر طالبان است.
هدا خموش، فعال مدنی گفته است که محسنی به‌خاطر حقیقت‌گویی و آشکار صحبت کردنش، توسط طالبان اختطاف شده، او واقع‌گرا و تحلیل‌گر منطقی است که بدون هیچ ترس در این شرایط سخن زد.
خموش گفت: «ما نگران جان استاد هستیم، طالبان باید با منتقدان خود کنار بیایند، حقیقت چیزی نیست که پنهان شود با شکنجه و اختطاف نمی‌شود کسی را سرکوب کرد.»
از سویی هم کاوه جبران، نویسنده و استاد دانشگاه در واکنش به بازداشت سیدباقر محسنی نوشته است: «برای یک لحظه به عمق این فاجعه فکر کنید. آدمی مثل محسنی در رژیمی به زندان می‌افتد که معین وزارت فرهنگ‌اش ذبیح‌الله مجاهد است.»
عطیه مهربان، فعال حقوق زن در واکنش به بازداشت سیدباقر محسنی نگاشته: «ما همه مدعی هستیم؛ اما در میدان واقعی کسانی‌که جسورانه ایستادند و جنگیدند بسیار کم بودند و ما این جسارت و ایستادگی را هرگز فراموش نخواهیم کرد.»
مهربان گفت محسنی امروز را پیش‌بین بود؛ اما ادامه داد و چنین شرافتی در این دنیایی پر از ریا و تزویر، نباید فراموش تاریخ شود.
این همه در حالیست که سیدباقر محسنی عصر روز جمعه در کابل ناپدید شده است.
خبر بازداشت او در رسانه‌ها اجتماعی دست به‌دست می‌شود که گویا او از سوی نیروهای طالبان بازداشت شده است، اما طالبان تاکنون به گونه‌ای روشن در این باره چیزی نگفته‌اند.