بر اساس لایحه بودجه قرار است که از سـال ۱۴۰۱ دبیرخانه شـورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصـادی زیر نظر رئیس جمهور اداره شود.
به گزارشباشگاه خبرنگاران جوان؛ از سال ۱۴۰۱ دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی با حفظ شخصـیت حقوقی مسـتقل و با رعایت ضـوابط و مقررات زیر نظر رئیس جمهور اداره می‌شود.