علم و دانش امام محمد باقر علیه السلام همانند دیگر ائمه اطهار علیه السلام، از سرچشمه وحی نشأت می‌گرفت و هیچ کس در آن زمان به پایه علمی ایشان نمی‌رسید.
آوازه منزلت علمی امام علیه السلام به حدی بود که همه تاریخ نویسان، اعم از مسلمان و غیر مسلمان، در توصیف کمالات ایشان بدون استثنا به مقام علمی آن حضرت علیه السلام اشاره نموده اند.
امام محمد باقر علیه السلام همانند اجداد پاکش عابدترین فرد روزگار خود محسوب می‌شد و در عبادت، الگوی راستین عابدان بود. اما علیرغم کثرت عبادت هرگز به گوشه نشینی و دوری از فعالیت‌های اجتماعی روی نیاورد، گر چه به قول امام صادق علیه السلام؛ «آن قدر شب‌ها نماز می‌خواندند که در نتیجه ایستادن در حال نماز، پا‌های ایشان ورم می‌کرد.» و به گفته ابن صباغ؛ «تمام عمر امام علیه السلام در راه طاعت خدا بود.»
آن امام همام علیه السلام با این همه، خود را در عبادت خدا قاصر می‌دید و می‌فرمود: «چه کسی می‌تواند، چون علی علیه السلام خدا را عبادت کند؟»
* معجزه‌ای از امام محمد باقر (علیهم السلام)
در کتاب‌های تاریخی، معجزات فراوانی از امام محمدباقر (علیهم السلام) نقل شده است. عبدالله بن عطاء مکی در یکی از آن‌ها می‌گوید: «به اشتیاق دیدار روی امام باقر علیه السلام از مکه به مدینه آمدم. شبی که به مدینه رسیدم، باران شدید و سرمایی سخت بیداد می‌کرد. من که نیمه شب به در خانه حضرت رسیده بودم، با خود گفتم: اکنون برای در زدن دیر شده است. پس بهتر است تا صبح همین جا بمانم و صبح هنگام به خدمت ایشان مشرف شوم. در این هنگام، صدای امام (علیهم السلام) را شنیدم که می‌فرمود: در خانه را برای ابن عطاء باز کنید که امشب، سرمای سخت و آزار باران را به خاطر ما تحمل کرده است.»
* تصریح پیامبر اکرم (ص) به امامت حضرت باقرالعلوم (علیهم السلام)
پیامبر اکرم (ص) در ضمن روایات زیادی به مسأله امامت امام محمد باقر (علیهم السلام) تصریح فرموده اند که از مهم‌ترین آن روایات، روایت جابر بن عبدالله انصاری است. محمد بن مسلم می‌گوید: «در کنار جابر نشسته بودیم که امام سجاد علیه السلام همراه با فرزندشان محمد وارد شدند. حضرت سجاد علیه السلام به پسر بزرگوارشان دستور دادند که جابر را که در آن ایام پیرمرد و نابینا شده بود احترام کند. وقتی این کودک پیشانی جابر را به عنوان احترام بوسیدند، جابر پرسید: این کودک کیست؟ امام سجاد علیه السلام فرمودند: پسرم محمد است. جابر، محمد را در آغوش گرفت و گفت:ای محمد!، رسول خدا صلی الله علیه و آله و سلم به تو سلام می‌رساند. حاضران از جابر توضیح بیشتر خواستند. جابر گفت: روزی در خدمت رسول خدا صلی الله علیه و آله و سلم بودم که فرمودند:ای جابر! تو آن قدر زنده می‌مانی که حتی فرزندم، محمد بن علی بن حسین بن علی بن ابی طالب را که نامش در تورات، باقر است، می‌بینی. وقتی او را دیدی، سلام مرا به او برسان.»
* جملاتی از فرمایشات گهربار امام محمد باقر (علیهم السلام)
-ای جابر! هر که اطاعت خدا کند و ما را دوست داشته باشد، او، ولی و دوست ماست و هر کس به خدا نافرمانی کند، دوستی ما هیچ سودی به حالش نخواهد داشت.
- بنیاد اسلام پنج چیز است: نماز، زکات، روزه ماه مبارک رمضان، حج و ولایت ائمه (علیهم السلام)
- کمال انسان، دانشمند شدن در دین، صبر در بلا و میانه روی در زندگی است.
- در روز قیامت، حسرت و اندوه و افسوس کسی از همه بیشتر است که عدل و داد را بستاید، ولی خود در عمل با آن مخالفت کند.
- هان‌ای مردم! راست بگویید که خداوند با راستی است.
- همانا شیعه ما کسی است که از خدای عزوجل اطاعت کند.
- مسلمان کسی است که مسلمانان از آسیب زبان و دستش ایمن باشند.
- به خدا سوگند، هیچ بنده‌ای در دعا پافشاری و اصرار به درگاه خدای عزوجل نکند، جز اینکه حاجتش را برآورد.
- همانا خشم، آتش پاره‌ای از شیطان است که در قلب آدمی زاده افروخته می‌شود.
- در کار خود با مردم خداترس مشورت کن.
- خداوند، دشنام گو را دشمن خود می‌داند.
- هیچ شرافت و افتخاری، چون بلند همتی نیست.
- عالمی که از علمش بهره برند، از هفتاد هزار عابد بهتر است.
- دو رکعت نماز بعد از مسواک کردن، از هفتاد رکعت نماز بی مسواک برتر است.
- هنگامی که انسان به چهل سالگی می‌رسد، فرشته‌ای از آسمان ندا در می‌دهد که هنگام کوچ کردن رسیده است، توشه سفر را آماده کن.
همانا پاداش صدقه در روز جمعه افزون می‌شود.