آیت الله سید حسین یعقوبی قائنی از محضر علمای عارفی چون شیخ محمدجواد انصاری همدانی، سید جمال‌الدین گلپایگانی و آیت‌الله سیدعلی قاضی بهره فراوان برده بود.
سفینة الصادقین و انیس الصادقین دو اثر زیست نامه و اذکار وی است که همه اذکار برگرفته از ماثورات اهل بیت(علیهم السلام) در این مجموعه گردآوری شده است.
آیت الله یعقوبی قائنی تنها شاگرد بازمانده آیت‌الله قاضی بود. آیت‌الله سید علی قاضی طباطبایی فقیه، حکیم، عارف شیعه و عالم ربانی سده سیزده و چهارده خورشیدی بود که شاگردان بزرگی همچون آیت‌الله بهجت، علامه طباطبایی، آیت‌الله سید ابوالقاسم موسوی خویی و بسیاری از علمای بزرگ دیگر داشته است. وی به دلیل کرامات و عنایات الهی فراوانی که داشت، بین علما شهرت زیادی دارد.
آیت الله یعقوبی قائنی سخنان جالبی درباره حضرت آیت‌االه خامنه‌ای دارند که در ادامه می‌شنوید. در بیانات ایشان آمده است:
"خدا این رهبر معظم را نگهدارد. ایشان امانت خدا هست؛ [اما خیلی‌ها] حالیشان نیست. جانشان را گذاشته‌اند کف دستشان برای [هدایت] خلق. [ایشان] اصلاً هوا ندارد، یک ذره هوا ندارد. چند نفر سراغ دارید مثل ایشان"
انتهای پیام/
سخنان مرحوم آیت‌الله سید حسین یعقوبی قائنی درباره رهبر انقلاب