در این میان، افراد ذی‌نفع با توجه به وضعیت موجود به دنبال حذف صورت مسئله بوده و هر از چند گاهی با بیان نکاتی غیر واقعی سعی در انحراف افکار عمومی از واقعیت های موجود دارند. این افراد با پر رنگ کردن سهم منابع موجود در آستان های متبرکه از جمله آستان قدس رضوی در اقتصاد ایران و بدون توجه به ماهیت منابع موجود در این آستان و آستان های مشابه به بیان نکاتی خارج از قوانین شرعی و فقهی جامعه پرداخته تا بتوانند با مطرح کردن این موضوع ذهن ها را از شاهراه های اصلی فرارهای مالیاتی دور کنند.
ریشه معافیت مالیاتی آستان قدس رضوی به منابع مالی این آستان شامل موقوفات و نذورات مردمی باز می گردد که بر اساس احکام موجود از پرداخت مالیات معاف هستند، در اواسط دهه ۶۰ تصمیم دولت وقت برای دریافت مالیات از آستان قدس رضوی و شرکتهای تابعه این آستان در ابتدا با مخالفت شفاهی حضرت امام خمینی (ره) مواجه شد. از آنجا که مخالفت امام (ره) به صورت شفاهی بیان شده بود در قانون مالیات‌های مستقیم، مصوب سال ۱۳۶۶ مجلس شورای اسلامی موضوع عدم پرداخت مالیات آستان قدس رضوی قید نشده بود. موضوعی که باعث شد مرحوم آیت‌الله واعظ طبسی با ارسال نامه‌ای به حضرت امام(ره) خواهان بیان نظر ایشان به صورت مکتوب شدند. در متن این نامه خطاب به حضرت امام (ره) آمده است:
«بسمه تعالی
محضر مبارک مرجع عالیقدر و رهبر کبیر انقلاب و بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران، حضرت آیت‌اللّه العظمی امام خمینی مدظله العالی
با اهدای بهترین تحیات محترماً معروض می‌دارد، منابع مالی آستان قدس رضوی مجموعه ترکیبی از موقوفات و نذورات بوده که در جهت کمک به محرومان، گسترش و نشر فرهنگ اسلامی و ترویج اسلام ناب محمدی، تعمیر و نگهداری اماکن متبرکه و روضه منوره رضویه و احداث و گسترش ابنیه و بالاخره در راه مصالح جامعه اسلامی طبق نظر و نیّات واقفین حسب موارد مقرره به مصرف می‌رسد. قابل ذکر است که به خاطر قید غیر انتفاعی بودن، این تشکیلات مقدس از آغاز حیات خود در هیچ دوره و مقطع تاریخی مشمول پرداخت مالیات نبوده است.
در سال ۱۳۶۵ که لایحه مالیاتی در کمیسیون اقتصاد و دارایی مجلس مطرح و در لایحه مذکور نام آستان قدس از ردیف سازمان هایی که مشمول معافیت مالیاتی بودند حذف شده بود. مراتب به وسیله برادر بزرگوارمان جناب مستطاب حجت الاسلام و المسلمین حاج احمد آقا به استحضار حضرت مستطاب عالی رسید که مقرر فرمودید: (آستان قدس رضوی مالیات ندهد و به جناب آقای نخست وزیر هم گفته شود از آستان قدس نباید مالیات بگیرند) اما از آنجا که اوامر حضرتعالی کتباً به مسئولین امر ابلاغ نگردیده در قانون مالیاتی مصوب سال ۱۳۶۶ مجلس شورای اسلامی موضوع عدم پرداخت مالیات آستان قدس رضوی و شرکتهای وابسته مسکوت ماند.
با توجه به اجرای قانون مذکور از ابتدای سال جاری مشکلات و مسائلی در این رابطه برای آستان قدس رضوی به وجود آمده است، استدعا دارد اوامر حضرتعالی را در خصوص عدم پرداخت مالیات به وسیله آستان قدس و شرکت ها و مؤسسات وابسته به مسئولین ذی‌ربط امر به ابلاغ فرمایند.
در جوار مضجع منور حضرت ثامن الائمه (ع) سلامتی و طول عمر آن حضرت و دوام و بقای نظام جمهوری اسلامی را از خداوند سبحان مسئلت دارم. والسلام علیکم و رحمة‌اللّه و برکاته.
۱۳۶۸/۱/۱۰ ـ ارادتمند: عباس واعظ طبسی»
امام خمینی(ره) نیز ۱۰ روز بعد و در تاریخ ۱۳۶۸/۱/۲۰ به نامه تولیت وقت آستان قدس رضوی این گونه پاسخ دادند:
«بسمه تعالی
جناب آقای موسوی، نخست وزیر محترم
همان طور که قبلاً گفته‌ام آستان قدس رضوی و شرکت ها و مؤسسات وابسته از پرداخت هر گونه مالیاتی معاف می‌باشند. نظر اینجانب را به مقامات ذی‌ربط ابلاغ نمایید.
۲۰ / ۱ / ۶۸
روح اللّه الموسوی الخمینی»
با گذشت بیش از دو دهه از زمان ارسال این نامه و کسب تکلیف از ولی فقیه در آذر ماه سال ۱۳۹۳ نمایندگان مجلس شورای اسلامی در نشستی علنی و در ادامه بررسی طرح الحاق موادی به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت، با الحاق پیشنهادی از سوی کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس موافقت کردند که در آن آمده بود «به منظور برقراری عدالت آموزشی و اجرای اصل ۳۰ قانون اساسی و تجهیز کلیه آموزشگاه‌های آموزش و پرورش با اولویت مناطق محروم و روستاها، آستان قدس رضوی و آن دسته از مؤسسات و بنگاه‌های اقتصادی زیرمجموعه نیروهای مسلح و ستاد اجرایی فرمان امام و سایر دستگاه‌های اجرایی که تا زمان تصویب این قانون مالیات پرداخت نکرده‌اند، موظف به پرداخت مالیات مستقیم و مالیات بر ارزش افزوده شوند» در این طرح قید شده بود منابع حاصله صرفاً جهت توسعه عدالت آموزشی در اختیار وزارت آموزش و پرورش قرار گیرد تا بنا بر آیین‌نامه‌ای که به این منظور تهیه می‌شود و به تصویب هیأت وزیران می‌رسد، هزینه شود.
در همان روزهای بررسی این طرح پورابراهیمی نایب رئیس وقت کمیسیون اقتصادی مجلس، در مصاحبه‌ای با اشاره به مصوبه مجلس درباره پرداخت مالیات از سوی تمام نهادها اظهار داشت: «در راستای شرایط خاصی که از ابتدای انقلاب وجود داشت و امام در این زمینه حکم داده بودند از آستان قدس رضوی مالیاتی گرفته نمی شد؛ از آنجا که این حکم تا کنون لغو نشده است، آستان قدس رضوی نیز همچنان از پرداخت مالیات معاف است. از این جهت این احتمال وجود دارد که این بحث با ایراد شورای نگهبان مواجه شود و این موضوع برای آستان اجرایی نشود، ولی برای موارد دیگر اجرا خواهد شد و باید دیگر جاها مالیات بپردازند.» و همان طور که انتظار می‌رفت از سوی شورای نگهبان رد شد.
موضوعی که باعث شد به واسطه ایجاد شبهاتی در این زمینه حجت الاسلام والمسلمین ابراهیم رئیسی، تولیت جدید آستان از رهبر معظم انقلاب کسب تکلیف کند. پاسخی که به رغم گذشت حدود سه دهه از تکرار آن همچنان همان پاسخ قبلی حضرت امام(ره) در سال ۶۸ را به دنبال داشته است. در پاسخ رهبر انقلاب به نامه تولیت آستان قدس ضمن تاکید بر شفافیت فعالیت های اقتصادی آمده است: «البته این حکم شامل مالیات های تکلیفی و مالیات بر ارزش افزوده نمی باشد لکن چون فعالیت های اقتصادی باید شفاف و رقابت پذیر باشد، توصیه می شود که مالیات شرکت ها و مؤسسات برابر مقررات محاسبه و پرداخت و به صورت جمعی خرجی عیناً به آستان برگشت داده شود.»
شایان توجه است که به گفته معاون مالی- اداری آستان قدس، در حال حاضر مالیات های تکلیفی به طور کامل از سوی آستان پرداخت می شود.
بیژن عبدی کارشناس اقتصادی و استاد دانشگاه در همین زمینه می گوید: طبق بند ۳ ماده ۲ مالیات های مستقیم مصوب سال ۱۳۶۶، موقوفات عام و سازمان هایی مانند عتبات عالیات از پرداخت مالیات معافند.
وی در ادامه افزود: در ماده ۱۳۹ اصلاحی قانون مالیات های مستقیم، مصوب سال ۱۳۸۰، موقوفات، نذورات، پذیره، کمک ها و هدایای دریافتی نقدی و غیرنقدی آستان قدس رضوی، آستان حضرت عبدالعظیم الحسنی(ع)، آستانه‌حضرت معصومه(س)، آستان حضرت احمد ابن موسی (ع) «شاه چراغ»، آستان مقدس حضرت امام خمینی (ره)، مساجد، حسینیه‌ها، تکایا و سایربقاع متبرکه نیز از پرداخت مالیات معاف هستند. بر این اساس حتی مطبوعات و نشریات و اکثر فعالیت های فرهنگی نیز از پرداخت مالیات معاف هستند که این موضوع یک مسئله قانونی است.
عبدی در ادامه تصریح کرد: این امور ارتباطی به تولیت جدید آستان یا غیر ایشان ندارد و از گذشته نیز وجود داشته است، حتی در یک مورد هم که در سال ۱۳۹۵ این شبهه در مصوبه مجلس پیش آمد، آقای رئیسی از رهبری استعلام کردند که پاسخ آن نیز موجود است.