از نظر معماری ساختمان امام زاده عبدالله بافق مربوط به قرن 5 هجری و با شواهد موجود تا قرن 7 می باشد که بدنه اتاق این مرقد با کاشی های مسدس لاجوردی و حاشیه های سیاه و سفید پوشیده شده و لبه غرفه های فوقانی مشرف به صحن اصلی مزار نیز با همین نوع کاشی مزین شده است.
سقف داخلی بنا گنبدی مقرنس کاری شده و دیواره و گوشواره های زیر گنبد رنگ آمیزی و نقاشی شده است که دیوار رو به قبله محراب گچ بری ظریفی دارد و به آیات قرآن و عبارتی دیگر مزین گشته است.
بنای ساختمان بقعه شامل سردرب، هشتی ورودی، اتاق مدخل و اتاق اصلی می باشد و تزئينات داخلی این بقعه از كارهای ملاحسن نقاش باشی بافقی است که نقاشی های داخل گنبد متاسفانه به دليل آيينه كاری از ميان رفته و تقدير اين نقاشی ها دركتاب يادگارهای يزد به چاپ رسيده است.
این آستان متبرک منزلت و جايگاه ویژه ای نزد عامه مردم دارد و مکانی برای زیارت مسافران این شهرستان است.