اینچنین بود که نوشتن هرگونه قانون و واداشتن شهروندان به پیروی از قانونی که در شرع آورده نشده است را نادرست می‌دانست و در رساله حرمت مشروطه با برقراری مجلس انتخابی و نیز مسأله تقسیم قوا مخالفت کرده بود.
از آن جمله بود که شیخ فضل‌الله در مقابل یکی از مواد قانون مشروطه آنجا که آمده بود اهالی مملکت ایران در مقابل قانون دولتی متساوی‌الحقوق خواهند بود، به طور مشخص به مخالفت پرداخت .
احمد کسروی در کتاب تاریخ مشروطه ایران پس از نقل جریان افتتاح مجلس شورای ملی می‌نویسد:چون می‌بایست نظامنامه داخلی نوشته می‌شد، کسانی از نمایندگان را برای نوشتن آن نامزد گردانیدند. در این میان قانون اساسی نیز نوشته می‌شد گویا مشیرالملک و مؤتمن‌الملک پسران صدراعظم آن را می‌نوشتند، یا بهتر بگویم ترجمه می‌کردند.
این مسأله همان سرآغاز اختلاف و اعتراض و جدایی شیخ فضل‌الله از جریان نهضت مشروطیت و مخالفت با حکومت مشروطه است. به گونه ای که شیخ فضل‌الله در نامه‌ای به یکی از علمای شهرستان‌ها می‌نویسد: آیا چه افتاده است که امروز باید دستور عدل ما از پاریس برسد و نسخه شورای ما از انگلیس بیاید؟
شیخ فضل‌الله همان زمان در جایی گفته بود مشروطه‌ای را که از دیگ پلوی سفارت انگلیس سردرآورد، نمی‌خواهد.
اختلاف با مشروطه خواهان وقتی جدی‌تر شد که مسأله بررسی قانون اساسی و تطبیق آن با شرع، توسط علما آغاز شد شیخ فضل‌الله این امر را که مجلس بتواند صرفاً به استناد رأی اکثریت حتی برخلاف قوانین و احکام شرعی، قانون وضع نماید، مردود می‌داند و متقابلاً موافقت خود را با مجلسی که با رعایت احکام اسلام، قانون وضع نماید، اعلام داشته و در یکی از سخنرانی‌های خود، موضع و مقصودش را چنین اعلام می‌دارد: ... ایّها الناس من به هیچ وجه منکر مجلس شورای ملی نیستم... صریحاً می‌گویم... که من آن مجلس شورای ملی را می‌خواهم که عموم مسلمانان آن را می‌خواهند.
به این معنی که البته عموم مسلمانان مجلسی می‌خواهند که اساسش براسلامیت باشد و بر خلاف قرآن و بر خلاف شریعت محمدی (ص) و بر خلاف مذهب مقدس جعفری، قانونی نگذارد. من همچنین مجلسی می‌خواهم.
اینچنین است که او در سوم تیرماه ۱۲۸۶ به عنوان اعتراض به حرم حضرت عبدالعظیم مهاجرت می‌کند و با سخنرانی‌ها در صدد برملا ساختن مقاصد مشروطه‌خواهانی که مشروطه‌ای بدون تعهد به اسلام دنبال می‌کردند، برمی‌آید در این هجرت حدود ۵۰۰ نفر شیخ را همراهی کردند و او تئوری مشروطه مشروعه را در همین دوران تبیین کرد. در یکی از لوایح منتشر شده از سوی مهاجرین به رهبری شیخ فضل‌الله آمده است: ای مسلمانان کدام عالم است که می‌گوید مجلسی که تخفیف ظلم نماید و اجراء احکام اسلام کند، بد است و نباید باشد.
از این پس اختلافات بین مشروطه‌خواهان و شیخ فضل‌الله و طرفدارانش جدی‌تر شد و شیخ فضل‌الله در دوران استبداد صغیر، همچنان به مخالفت خود با مشروطه ادامه داد تا اینکه طرح ترور شیخ ریخته شد.
در ۱۶ ذی‌الحجه ۱۳۳۶ قمری برابر با نهم دی ماه ۱۲۸۷ توسط کریم دواتگر به وی سوءقصد شد و گلوله‌ای به پای شیخ اصابت کرد. ضارب نیز هنگام دستگیری گلوله‌ای به گلوی خود شلیک کرد و مجروح شد ولی پس از مدتی که در زندان به سر برد شیخ ضارب خود را بخشید.
در این دوره جنگ بین مشروطه‌خواهان و مستبدین با فتح تهران توسط قوای بختیاری و مجاهدین گیلانی پایان یافت و محمدعلی شاه از سلطنت خلع و احمدمیرزا ولیعهد بر تخت سلطنت تکیه زد به شیخ فضل‌الله پیشنهاد شد تا برای تأمین جانی و مالی به سفارت روس پناهنده شود، اما وی نپذیرفت.
اینچنین بود که خانه شیخ فضل‌الله نوری در روز ۸ مردادماه توسط گروهی از مشروطه‌خواهان محاصره شد و وی را سه روز در کاخ گلستان در بازداشت نگاه داشتند و سرانجام در روز ۱۱ مرداد ماه پس از محاکمه‌ای کوتاه توسط شیخ ابراهیم زنجانی، شیخ فضل‌الله نوری را برای اجرای حکم اعدام به میدان توپخانه بردند و یپرم خان ارمنی که ریاست نظمیه را به عهده داشت حکم را به اجرا درآورد و شیخ به دار آویخته شد.
خانواده شیخ فضل‌الله پیکر وی را مخفیانه به منزل بردند و در اتاقی در حالی که غسل و کفن شده بود گذاشتند و آن را تیغه کردند و برای اینکه کسی بویی نبرد مراسمی ظاهری گرفتند و جنازه‌ای غیرواقعی را در قبرستان دفن کردند. پس از هجده ماه جسد را از آن اتاق در آورده و مخفیانه به قم انتقال دادند و در مقبره‌ای که در صحن حرم حضرت معصومه تدارک دیده بودند، دفن کردند.
گزارش از ندا فاضلی